[VMD] 计算二面角的自由能时顺式比反式结构低

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发表于 Post on 2023-9-13 00:01:26 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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本帖最后由吹梦到西洲于 2023-9-13 23:36 编辑

想计算一个结构中的酰胺的顺反异构实验上是反式升温出现顺式所以推断在这个结构里反式的自由能相对顺式要更低一点

但是用metadynamic做出来的自由能曲线是0°的顺式自由能更低有没有什么可能的原因（我定义cv二面角的时候用的是VMD的顺序有没有可能两者对二面角的定义相反？）附图是我得到的自由能曲线图中横坐标是角度纵坐标是自由能 kj/mol
抱歉不是一个很清晰明了的问题...主要想听听大家的想法
红色的曲线相比于黑色的温度更高一些

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