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[GROMACS] 求助:top文件构建问题

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各位老师同学大家好,最近我在做锌金属-电解液界面的分子动力学模拟,但遇到构建拓扑文件的问题:如何添加金属锌的拓扑文件(见下图)。请老师和同学帮我指导一下。



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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-27 20:33:23 | 只看该作者 Only view this author
我参照 sober老师gromacs里关于LJ 12-6对势 修改Au的参数,但我是金属锌,在哪里找12-6 LJ 参数呢?另外,即使找到这个参数能够设置c6和c12, 只需要将Zn的参数加入到力场的ffnonbonded.itp 和atomtypes.atp 就行吗?感谢各位

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-27 20:45:01 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2021-8-27 20:33
我参照 sober老师gromacs里关于LJ 12-6对势 修改Au的参数,但我是金属锌,在哪里找12-6 LJ 参数呢?另外, ...

如果没有LJ 12-6对势,gromacs 还能模拟Zn金属表面溶液的结构吗?如何构建金属Zn的itp文件呢,感谢大家,希望各位老师同学指导一下我。

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发表于 Post on 2021-8-28 14:57:28 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2021-8-27 20:33
我参照 sober老师gromacs里关于LJ 12-6对势 修改Au的参数,但我是金属锌,在哪里找12-6 LJ 参数呢?另外, ...

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员必读贴里明确说了
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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发表于 Post on 2021-8-28 14:59:57 | 只看该作者 Only view this author
你得把ZN0的定义加到[atomtypes]里
用google搜搜,能搜到LJ参数就用,搜不到就没辙了。肯定有不少经典力场模拟Zn的文章
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-28 19:18:33 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-28 14:57
有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充,应直接编辑原帖,不要通过回帖进行补充,这点在置顶的新社员 ...

好的,谢谢卢老师指正,下不为例

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-28 19:21:09 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-28 14:59
你得把ZN0的定义加到[atomtypes]里
用google搜搜,能搜到LJ参数就用,搜不到就没辙了。肯定有不少经典力场 ...

谢谢老师,我填进去可以了,谢谢老师,我能在这里问一个其他问题吗?如何计算分子中指定原子的电负性,我算的不同分子和水的氢键能量,但不知道分子结构对氢键的影响作用?如有冒犯,我再另写一个帖子,谢谢

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发表于 Post on 2021-8-29 08:50:15 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2021-8-28 19:21
谢谢老师,我填进去可以了,谢谢老师,我能在这里问一个其他问题吗?如何计算分子中指定原子的电负性,我 ...

看不懂你的问题,电负性和氢键能量、结构没有直接关系
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-29 09:12:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Aristotler 于 2021-8-29 09:14 编辑
sobereva 发表于 2021-8-29 08:50
看不懂你的问题,电负性和氢键能量、结构没有直接关系

抱歉老师,我现在计算了一系列有机分子和水之间的氢键,但不知道这些有机分子与水的氢键大小不同的原因,想从有机分子结构出发探究其与水形成氢键能量差异的原因

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发表于 Post on 2021-8-29 11:24:11 | 只看该作者 Only view this author
Aristotler 发表于 2021-8-29 09:12
抱歉老师,我现在计算了一系列有机分子和水之间的氢键,但不知道这些有机分子与水的氢键大小不同的原因, ...

从静电势可以说明
用Multiwfn做体系表面静电势分析,氢的位置表面静电势极大点数值越大,是越好的氢键给体;受体原子表面静电势极值点越负,是越好的氢键受体

参考
使用Multiwfn的定量分子表面分析功能预测反应位点、分析分子间相互作用
http://sobereva.com/159
静电势与平均局部离子化能相关资料合集 http://bbs.keinsci.com/thread-219-1-1.html

利用氢键给体原子和氢键受体原子的原子电荷也可以说明
对应X-H...Y氢键,这和X、Y的电负性都有一定关系,但不绝对。比如氧的电负性大于氮,但氮作为氢键受体往往氢键更强。还有共振辅助等等其它情况影响氢键强度
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-8-29 17:10:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-29 11:24
从静电势可以说明
用Multiwfn做体系表面静电势分析,氢的位置表面静电势极大点数值越大,是越好的氢键给 ...

好的,非常感谢卢老师的全面细致的指导。

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发表于 Post on 2021-10-17 23:04:31 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-8-28 14:59
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用google搜搜,能搜到LJ参数就用,搜不到就没辙了。肯定有不少经典力场 ...

请教一下老师,做电解液搜到用lammps模拟文章里提到的6-12参数,是不是换算一下就可用到atomypes里?

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发表于 Post on 2021-10-18 01:54:58 | 只看该作者 Only view this author
zhaoxy008 发表于 2021-10-17 23:04
请教一下老师,做电解液搜到用lammps模拟文章里提到的6-12参数,是不是换算一下就可用到atomypes里?

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