请问蛋白-蛋白体系的Interaction Entropy计算如何实现？

lily49 · 发表于 Post on 2021-10-19 11:22:05

用AMBER跑了727个残基的蛋白-蛋白体系，审稿人要求计算interaction entropy，并给了一篇参考文献：J. Am. Chem. Soc. 2016, 138, 5722 (10.1021/jacs.6b02682)
请问各位大神如何实现？？
是否有软件或脚本能够分享，谢谢！！

puzhongji · 发表于 Post on 2021-10-19 13:54:10

http://bbs.keinsci.com/thread-23634-1-1.html

lily49 · 发表于 Post on 2021-10-19 15:51:54

puzhongji 发表于 2021-10-19 13:54
http://bbs.keinsci.com/thread-23634-1-1.html

谢谢您的回复！但我的轨迹是用amber跑的呀……有没有能够直接计算熵的方法？还是说需要转换成gromacs的文件呢？

lyj714 · 发表于 Post on 2021-10-19 16:41:56

本帖最后由 lyj714 于 2021-10-19 16:43 编辑

如果你已经算过平衡轨迹每一帧的静电和vdw相互作用能，即MM部分，直接根据参考文献公式计算一下就行了，IE的计算本来就极其简单。二楼提到的那个工具中的一部分代码https://github.com/Valdes-Tresan ... ation.py#L631-#L656提取出来就能用

lily49 · 发表于 Post on 2021-10-19 18:48:16

lyj714 发表于 2021-10-19 16:41
如果你已经算过平衡轨迹每一帧的静电和vdw相互作用能，即MM部分，直接根据参考文献公式计算一下就行了，IE ...

太谢谢您了！！

sobereva · 发表于 Post on 2021-10-19 19:20:49

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“蛋白-蛋白体系的Interaction Entropy计算”改了，以后务必注意

lily49 · 发表于 Post on 2021-10-19 20:05:06

sobereva 发表于 2021-10-19 19:20
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

谢谢sob老师！

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