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[综合交流] 关于QM计算选取含金属蛋白初始结构与HOMO−LUMO gap的关系的询问

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楼主
The QM calculations are conducted with the proposed charge states and final charges are chosen, for which the optimized structure most closely shows integer orbital occupations and a maximized HOMO−LUMO gap.
作者在优化一系列含金属蛋白,用 Schrödinger’s PROPKA pKaprediction tool 预测了ph7下的质子化状态和电荷,然后基于 maximized HOMO−LUMO gap选取了合适的输入结构
请问这点的原理大致是什么?

acs.jpcb.0c00549.pdf

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发表于 Post on 2021-11-18 16:40:21 | 只看该作者 Only view this author
这个的关键在于轨道是整数占据,HOMO-LUMO gap是决定占据数的,而直接决定选哪个结构的是占据数而不是HOMO-LUMO gap。
如果靠人来决定一个蛋白的电荷数,一般就是把每个残基以及各种辅因子的电荷加起来。但是如果让程序自动做的话,程序不一定知道每种辅因子是多少电荷。所以就要每个电荷数都跑一个SCF计算,因为实际的蛋白大概率是单参考态体系,所以轨道占据数接近整数,因此挑那个让轨道占据数最接近整数的电荷数,就最有可能是对的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?hl=zh-CN&user=XW6C6eQAAAAJ&view_op=list_works&sortby=pubdate
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1034/1702.htm
本团队长期招收研究生,有意者可私信联系

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