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[新手求助] 求助蛋白-配体簇模型的预处理问题

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楼主
各位老师好,我最近在学习簇模型的QM计算,按照sob老师提到的簇模型(http://sobereva.com/597)进行尝试,但是我们课题组没有买gaussian系列的程序,因此想问一下各位老师在挖出来团簇结构之后,有没有其他可行的软件对团簇进行处理?(加氢,甲基化,删除原子等)

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发表于 Post on 2021-10-27 12:30:04 | 只看该作者 Only view this author
用什么程序建模和用什么程序计算没有任何直接联系,你问的本来就不是Gaussian干的事,而是可视化程序干的事
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-27 14:30:23 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-27 12:30
用什么程序建模和用什么程序计算没有任何直接联系,你问的本来就不是Gaussian干的事,而是可视化程序干的事

谢谢老师回复,请问老师,除了gview以外,还有没有可视化程序能对蛋白进行部分加氢或部分甲基化的操作呢?

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发表于 Post on 2021-10-28 12:18:43 | 只看该作者 Only view this author
溪临昭煌 发表于 2021-10-27 14:30
谢谢老师回复,请问老师,除了gview以外,还有没有可视化程序能对蛋白进行部分加氢或部分甲基化的操作呢 ...

能编辑结构的可视化多了去了,诸如avogadro、gabedit等
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-29 19:25:34 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-10-28 12:18
能编辑结构的可视化多了去了,诸如avogadro、gabedit等

明白了,谢谢sob老师

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