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[VASP] CO氧化的过渡态求助

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想做一个CO和O2的催化剂,用的是一个比较新的材料,上面吸附了一个Pt单原子做催化剂。然后就准备做一个O2的氧化过程,看看O2接触到催化剂会是什么样。用了七八种方法放氧气分子,优化完了得到这两种构型。


这个O2吸附在上面的能量,图1要图2的能量高0.12个eV。图2的O2的键长被拉长了,库伦相互作用减弱,说明O和O的键弱了,下面的O和Pt有比优化前的更强的库伦相互作用了。是不是可以说明图2的构型更容易和CO反应呢?另外,图1也是一个比较稳的吸附模式,是否需要计算从图1到图2的过渡态以说明从图1转化成图2的需要多高的能垒?图1图2都是直接结构优化的结果,都是我在slab上直接放一个氧气分子,只不过氧气分子的方向不同,所以得到的构型不同。横着放就吸附成图1,竖着放就变成图2了。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-20 18:32:22 | 只看该作者 Only view this author
感觉图2上面的那个氧分子的活性应该挺高的,来一个CO分子应该可以和C结合生成CO2。初态构型有点迷糊,CO要怎么放进去呢?直接放在半空中,让它离外面那个O保持大概3A左右的距离?还是把CO也吸附在Pt原子上?刚从物理入的化学领域,不太懂,我是想两个都算一下能垒的,看看哪个更正确。末态的话应该就是一个悬空的CO2,加上一个O连着Pt吧,到时候优化后的结果CO2的键长和键角基本符合CO2分子的构型就可以了。

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发表于 Post on 2021-10-20 20:36:22 | 只看该作者 Only view this author
千纸梦 发表于 2021-10-20 18:32
感觉图2上面的那个氧分子的活性应该挺高的,来一个CO分子应该可以和C结合生成CO2。初态构型有点迷糊,CO要 ...

CO和O2的反应,应该先考虑是CO更容易吸附还是O2呀,要先比较这两个分子的吸附能吧,后面再考虑是单分子,双分子还是三分子的吸附类型,一般都是以吸附能为标准来判定~
一蓑烟雨任平生

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-20 22:02:19 | 只看该作者 Only view this author
ymeng 发表于 2021-10-20 20:36
CO和O2的反应,应该先考虑是CO更容易吸附还是O2呀,要先比较这两个分子的吸附能吧,后面再考虑是单分子, ...

催化剂不是要考虑工作环境嘛,处理汽车尾气的话,放在空气中肯定是先接触O2吸附上O2吧

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发表于 Post on 2021-10-21 09:01:30 | 只看该作者 Only view this author
千纸梦 发表于 2021-10-20 22:02
催化剂不是要考虑工作环境嘛,处理汽车尾气的话,放在空气中肯定是先接触O2吸附上O2吧

即使考虑空气环境中先吸附氧气,催化剂开始工作后,一开始表面吸附的氧气会被消耗,这时催化剂处于CO和氧气共存的环境中,就需要考虑CO和氧气谁更容易吸附了吧,你看这么想是否合理。
三点几,饮茶先啦

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-21 09:33:50 | 只看该作者 Only view this author
夙雪夜归 发表于 2021-10-21 09:01
即使考虑空气环境中先吸附氧气,催化剂开始工作后,一开始表面吸附的氧气会被消耗,这时催化剂处于CO和氧 ...

回过头算了下,O2的吸附能比CO的大0.13个eV,后续是按照这个O2吸附模式往上面放CO吗

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-21 16:48:43 | 只看该作者 Only view this author
夙雪夜归 发表于 2021-10-21 09:01
即使考虑空气环境中先吸附氧气,催化剂开始工作后,一开始表面吸附的氧气会被消耗,这时催化剂处于CO和氧 ...

我不能回复短消息,见谅,没有权限...
我的理解是,成键作用本质都是静电力的作用,和r2成反比,r增加,力肯定就减弱了。不过这个静电力是比较复杂的,不是单电子模型就是了,换成电子云密度的空间和时间分布函数描述。我觉得库伦作用减弱是因为,目前我没有看过r变大但是波函数叠加反而更相干的结果。

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发表于 Post on 2021-10-21 19:34:10 | 只看该作者 Only view this author
千纸梦 发表于 2021-10-21 02:33
回过头算了下,O2的吸附能比CO的大0.13个eV,后续是按照这个O2吸附模式往上面放CO吗

可以,不过注意多尝试几种吸附构型
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-22 02:09:57 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-21 19:34
可以,不过注意多尝试几种吸附构型

我重新计算了不同位置方向的O2分子,发现优化后的结构能量并不相同。能量最低的最稳定,但是并不像图2这样感觉比较容易反应。我感觉我应该计算一个从能量最低到活性最高的过渡态能量。然后才能在活性最高的构型下,摆放不同位置的CO吧?

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发表于 Post on 2021-10-22 05:03:39 | 只看该作者 Only view this author
千纸梦 发表于 2021-10-21 19:09
我重新计算了不同位置方向的O2分子,发现优化后的结构能量并不相同。能量最低的最稳定,但是并不像图2这 ...

严格的做法是各个构型都算,然后用自由能最低的过渡态减去自由能最低的反应物。
如果自由能最低的过渡态和自由能最低的反应物分属两个吸附构型,那么自由能最低的反应物应当看作类似resting state
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-22 13:52:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-22 05:03
严格的做法是各个构型都算,然后用自由能最低的过渡态减去自由能最低的反应物。
如果自由能最低的过渡态 ...

学物理的听不太懂,正在学习中。这好像是找不同反应路径上,空间势能曲面上的交叉点是吗?

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发表于 Post on 2021-10-22 14:31:48 | 只看该作者 Only view this author
千纸梦 发表于 2021-10-22 06:52
学物理的听不太懂,正在学习中。这好像是找不同反应路径上,空间势能曲面上的交叉点是吗?

不需要找到交叉点。
比如你有两个吸附构型R1, R2,分别反应,对应的过渡态是TS1, TS2
那么假如R1和R2是快平衡,R1的自由能低于R2,而TS1的自由能大于TS2,那么这一步的活化自由能应当取作G(TS2)-G(R1)。但不涉及找到R1-TS1和R2-TS2的交叉点。
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-22 14:39:40 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-22 14:31
不需要找到交叉点。
比如你有两个吸附构型R1, R2,分别反应,对应的过渡态是TS1, TS2
那么假如R1和R2是 ...

我明白了,就是把两个初态构型都负载一个CO,优化一下,当两个末态。然后两个都算一下过渡态?但是我看文献上有这么做的:① 先分析O2在催化剂表面分解成容易反应的状态需要多高的能量 ②发现TS态能量过高,不能让O2分解,然后直接拿最初的O2去吸附CO,算过渡态能量 这样可以吗?

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发表于 Post on 2021-10-22 14:48:25 | 只看该作者 Only view this author
千纸梦 发表于 2021-10-22 07:39
我明白了,就是把两个初态构型都负载一个CO,优化一下,当两个末态。然后两个都算一下过渡态?但是我看文 ...

可以,如果在计算一条途径的初期发现这条途径的活化自由能太高了,那么这条途径不需要算完
Zikuan Wang
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-10-22 15:11:53 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2021-10-22 14:48
可以,如果在计算一条途径的初期发现这条途径的活化自由能太高了,那么这条途径不需要算完

老师,还有一点不解,活化自由能多高算比较高呢?它们都附在表面上,自由能和电子能的过渡态能量差别会很大吗?

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