求问两个药物小分子相互作用的研究方法

compume · 发表于 Post on 2016-1-26 14:45:58

请问大家，我想研究两个化学分子之间的相互作用等等，使用什么软件比较好呢？
以及选择什么力场比较合适？

我目前考虑使用gromacs进行模拟分析，然后使用OPLS全原子力场，不知道这个方法靠谱吗？

sobereva · 发表于 Post on 2016-1-26 16:51:58

gromacs+OPLS没问题

各种分子动力学程序，Amber、NAMD、Tinker也都可以，力场用gromos、GAFF、CGenFF、MM3、MMFF94也都可以

teller3531 · 发表于 Post on 2016-1-27 09:12:12

我也做的这方面的工作，我用lammps atom_stlye full cvffl力场做的不知道能不能得到可靠的结果。

compume · 发表于 Post on 2016-1-27 11:27:16

sobereva 发表于 2016-1-26 16:51
gromacs+OPLS没问题

各种分子动力学程序，Amber、NAMD、Tinker也都可以，力场用gromos、GAFF、CGenFF、M ...

谢谢sob老师，只是不知道这几种力场那种在小分子方面做得更好

compume · 发表于 Post on 2016-1-27 11:33:52

teller3531 发表于 2016-1-27 09:12
我也做的这方面的工作，我用lammps atom_stlye full cvffl力场做的不知道能不能得到可靠的结果。

没有用过lammps哎，我当时是看opls里面有很多不同化学环境的原子类型，所以感觉应该挺靠谱的，就打算用这个……

sobereva · 发表于 Post on 2016-1-27 12:08:51

compume 发表于 2016-1-27 11:27
谢谢sob老师，只是不知道这几种力场那种在小分子方面做得更好

你要追求精确直接用量化算就完了。

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[综合交流] 求问两个药物小分子相互作用的研究方法