charmm力场，CGenFF转化小分子拓扑版本不一致问题

tanyingjia · 发表于 Post on 2021-10-29 20:51:52

各位老师，各位同学。请问一下，有没有人用过CGenFF把小分子转化为Charmm力场

。有没有人遇到过类似的问题。

NicoleDH · 发表于 Post on 2021-10-30 20:39:34

CGenFF与charmm36中的CGenFF版本不匹配，我在论坛中貌似看到过，可以正常运行，这里只是个note。不过，不知道对后面的结果有没有影响。

tanyingjia · 发表于 Post on 2021-10-31 07:42:32

感谢回答，主要是害怕对后面拓扑的影响。影响到最后的模拟结果。

tjuptz · 发表于 Post on 2021-10-31 12:42:34

应该是没啥影响，不过更新下ff文件也挺方便的

NicoleDH · 发表于 Post on 2021-11-2 14:54:31

tjuptz 发表于 2021-10-31 12:42
应该是没啥影响，不过更新下ff文件也挺方便的

请问您说的更新下ff文件是指什么？mackerell lab网页（http://mackerell.umaryland.edu/charmm_ff.shtml#gromacs）上提供的charmm36-jul2021.ff.tgz就是最新的，但它对应的是CGenFF 4.4。我之前也碰到过楼主一样的问题。

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[GROMACS] charmm力场，CGenFF转化小分子拓扑版本不一致问题

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