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[综合交流] 在做sobEDA计算时,如何定义多个片段计算相互作用能的问题

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各位老师好:

我学习了“使用sobEDA和sobEDAw方法做非常准确、快速、方便、普适的能量分解分析”(http://bbs.keinsci.com/thread-39446-1-1.html)后,想要得到一个二聚体分子中多个片段的某两个片段之间的能量分解信息,应该如何去定义这个分子的片。如图片中分子,我想得到2与6之间的相互作用能,fragment.txt中应该如何定义?谢谢。



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发表于 Post on 2025-3-29 23:28:18 | 只看该作者 Only view this author
sobEDA没法严格实现你的目的

可以做基于力场的能量分解实现,设置片段完全灵活自由。虽然精度不及sobEDA,但半定量程度讨论一下完全够用
使用Multiwfn做基于分子力场的能量分解分析
http://sobereva.com/442http://bbs.keinsci.com/thread-10907-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-30 00:02:17 | 只看该作者 Only view this author
十分感谢老师的回答,我认真看了这个帖子(http://sobereva.com/442),确实是一个能够解决我的问题的好方法。那我想再请教一下老师,基于力场的能量分解的结果可以和SAPT的结果进行一个可靠的定性对比吗?(定性即可)

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发表于 Post on 2025-3-30 00:39:46 | 只看该作者 Only view this author
许棉贺 发表于 2025-3-30 00:02
十分感谢老师的回答,我认真看了这个帖子(http://sobereva.com/442),确实是一个能够解决我的问题的好方 ...

可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2025-3-30 11:02:43 | 只看该作者 Only view this author
谢谢sob老师

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