一个催化解聚反应分解成两个产物之后是否需要对分解产物重新结构优化后再吸附？

科研好难

各位老师好，我在计算一个催化剂参与的A--->B+C解聚反应机理（B和C的共吸附构型如图1所示），由于B,C后续还会变成其他物质，还需要进行B和C两条路径的过渡态搜索，至此我想请问一下是要对B和C两个产物进行单独的结构优化后再吸附然后进行后续的过渡态搜索吗？还是说直接在得到的共吸附构型基础上删除另一个产物进行结构优化然后进行后续的过渡态搜索就可以？这里再请教一个小问题，我在进行结构优化和过渡态搜索的过程中固定了催化剂的最底层，这种情况我在进行振动分析计算时是否可以把底下两层原子都固定住呢？

wzkchem5

原则上应该找到B和C的自由能最低的吸附构象。不管是简单地删掉另一个产物分子，还是单独在气相优化再吸附回去，都不能保证找到最优的吸附构象。所以严格的处理要做构象搜索。如果已知构象问题对你需要说明的问题影响不大，可以不做构象搜索，但此时很难讲你说的两种做法哪个更可能得到最优吸附构象，不同情况下较好的做法可能是不一样的，需要根据化学常识确定哪个做法更可能得到自由能较低的结构。
严格来说，振动分析固定的原子应该和结构优化一致，这样才算是理论级别一致。有时为了省时间，振动分析可能会多冻结一些原子（尤其在只需要零点能而不需要自由能校正的时候），但是一般没有理由少冻结

科研好难

wzkchem5 发表于 2024-3-23 16:38
原则上应该找到B和C的自由能最低的吸附构象。不管是简单地删掉另一个产物分子，还是单独在气相优化再吸附回 ...

老师，那这种稍大一点的体系做构象搜索的话一般用什么程序来做以及怎么做呢？我之前的反应物吸附构型是通过对不同角度的初猜吸附构型进行优化对比得出的。