受体蛋白与多小分子配体非特异性结合问题咨询

chuxuezhe

各位老师好：
使用分子对接研究蛋白受体与小分子结合时，发现小分子并不能集中结合在蛋白质特定位置，而是会散布在蛋白质表面，对接能量/得分相差很小（荧光猝灭等实验结果也表明非特异性结合）。针对上面的现象，有几点想法和疑问，麻烦各位老师批评指正。
1.如果比较小分子与蛋白质不同结合位置的结合能力，可否对接后加一段动力学，用mmpbsa方法，计算下结合能；或者是直接伞状采样等增强采样方法算自由能；或者是MM/QM计算结合区自由能。是不是计算自由能是最标准最严格的做法？
2.可否通过上述的结合自由能，采用玻尔兹曼分布，近似计算小分子配体与蛋白质不同区域结合的概率？
3.如果2不行，还有什么方法，可以评价小分子与蛋白质不同结合位点的结合概率？

谢谢各位老师！！

sobereva

跑跑分子动力学看看什么情况，如果小分子在蛋白表面很多地方都频繁出现，位置经常变动，可以把轨迹跑得很长，根据各个区域出现的相对概率就可以折算成相对自由能

若以不同初始条件（位置或初速度）跑MD，如果发现小分子只容易陷在特定几个位置，而且每次陷进去都有一定稳定性很不容易出来，可以把那几个当做可能的结合位点，分别用诸如MMPBSA等方法算结合自由能。

chuxuezhe

明白了，谢谢Sob老师