求助：Amber中怎么限制原子间距离？

sherry913 · 发表于 Post on 2019-12-9 09:38:01

我的体系中活性位点含有铁原子，有六个配位。想要研究底物如何与活性位点的氨基酸作用。在跑MD过程中铁配位的氨基酸会发生变化，如何用在Amber中限制几对原子间的距离？
另外，对于含有铁的酶，跑MD时有什么技巧吗？

16aDream · 发表于 Post on 2019-12-9 10:46:34

搜索手册 ntr 关键词

minishotgun · 发表于 Post on 2019-12-9 19:40:47

Amber中有构建配位键力场的方法，可以去搜一下mcpb.py

找雷 · 发表于 Post on 2021-10-16 10:01:28

老赵没教你MCBP.py吗？老哥

sherry913 · 发表于 Post on 2021-11-10 19:53:56

找雷发表于 2021-10-16 10:01
老赵没教你MCBP.py吗？老哥

2019年的我是个小白 MCBP.py也不是他教的

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[Amber] 求助：Amber中怎么限制原子间距离？