过渡态金属催化计算中固定原子的选择

zyj19831206 · 发表于 Post on 2016-1-24 11:50:07

请问下，比如说在计算Pd(100)面催化甲醇脱氢的时候，总共切有4层，固定底下三层，请问这个固定选择的是fix cartesian position还是fix fractional position？或者两者同时勾选，一直以来困惑这个问题。

卡开发发 · 发表于 Post on 2016-1-24 16:32:58

都选上绝不会错，但建议不要固定，物理意义太糟糕。

zyj19831206 · 发表于 Post on 2016-1-24 18:50:27

卡开发发发表于 2016-1-24 16:32
都选上绝不会错，但建议不要固定，物理意义太糟糕。

初级班教程里面貌似对动力学固定选择的是第一个，对第一性原理计算选择的是第二个。

kaier · 发表于 Post on 2021-11-2 09:47:44

卡开发发发表于 2016-1-24 16:32
都选上绝不会错，但建议不要固定，物理意义太糟糕。

请问老师，如果计算吸附过程中，金属表面（比如铜）上层发生了上下的振动，要不要固定所有原子，再进行吸附计算

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-11-2 11:05:36

kaier 发表于 2021-11-2 09:47
请问老师，如果计算吸附过程中，金属表面（比如铜）上层发生了上下的振动，要不要固定所有原子，再进行吸 ...

难讲。

kaier · 发表于 Post on 2021-11-9 12:28:51

卡开发发发表于 2021-11-2 11:05
难讲。

请教老师，如果做表面催化作用下分子化学键断裂过程的过渡态分析，对于分子断裂形成的自由基吸附是否需要对自由基先进行结构优化后再进行表面吸附优化，还是直接将断裂的自由基与表面构建好后一起进行几何优化呢？

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-11-9 12:32:24

kaier 发表于 2021-11-9 12:28
请教老师，如果做表面催化作用下分子化学键断裂过程的过渡态分析，对于分子断裂形成的自由基吸附是否需要 ...

有些吸附可能会导致分子结构发生变形，最好稍微调整下。

kaier · 发表于 Post on 2021-11-9 14:58:06

卡开发发发表于 2021-11-9 12:32
有些吸附可能会导致分子结构发生变形，最好稍微调整下。

谢谢卡老师解答。您指的调整一下我不是太理解，您指的是算过渡态的时候来调整吗？老师，我其实想知道对于键断裂后，自由基吸附，是否要先单独对自由基进行结构优化再做表面吸附，还是自由基和表面建好后再一起优化，这两种方法是否都可行？

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-11-9 16:16:26

本帖最后由卡开发发于 2021-11-9 16:21 编辑

kaier 发表于 2021-11-9 14:58
谢谢卡老师解答。您指的调整一下我不是太理解，您指的是算过渡态的时候来调整吗？老师，我其实想知道对于 ...

指的就是吸附问题。这个不好具体说，涉及到一些结构化学知识以及一些化学直觉和经验，没有统一的规则。举个例子，如甲基的吸附如果是在金属位点，那么碳原子杂化形式就会发生些变化，此时与气相情形不同，和氢原子就不再共平面；再比如有些金属表面吸附也会使得金属原子被拉起来一些。

kaier · 发表于 Post on 2021-11-9 17:31:32

卡开发发发表于 2021-11-9 16:16
指的就是吸附问题。这个不好具体说，涉及到一些结构化学知识以及一些化学直觉和经验，没有统一的规则。举 ...

我大概知道老师的意思，谢谢老师！关于部分金属原子被拉起来，我看有人说是吸附诱导，一些论文里面也看到过类似的图，这对结论是否有影响；有的地方也看到说如果表面原子变化很大就要把金属全部固定来计算，不知道这样是否可取

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-11-9 19:20:00

kaier 发表于 2021-11-9 17:31
我大概知道老师的意思，谢谢老师！关于部分金属原子被拉起来，我看有人说是吸附诱导，一些论文里面也看到 ...

要是计算不能符合自己的预期想法，那就固定原子，那还做啥计算呢？为啥不反过来检查模型选取的合理性？

kaier · 发表于 Post on 2021-11-10 09:55:10

卡开发发发表于 2021-11-9 19:20
要是计算不能符合自己的预期想法，那就固定原子，那还做啥计算呢？为啥不反过来检查模型选取的合理性？

了解了，谢谢老师解答。关于吸附自由基先优化再吸附还是吸附后优化的问题，如果没有事先优化自由基结构，算吸附能的时候这个自由基能量如何定义。使用吸附初始结构的自由基去算单点能，还是提取优化后的吸附结构中的自由基算单点能，还是怎么处理？感觉不如先优化自由基再进行吸附结构优化能量这样来做。但是老师您说的吸附后也许自由基结构会变化，这会不会影响吸附能计算结果呢

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-11-10 10:19:50

本帖最后由卡开发发于 2021-11-10 10:21 编辑

kaier 发表于 2021-11-10 09:55
了解了，谢谢老师解答。关于吸附自由基先优化再吸附还是吸附后优化的问题，如果没有事先优化自由基结构， ...

算吸附能的时候应该按照自由基优化后结构的能量考虑。如果像自由基这样简单一些的结构，势能面上极小点不太多，差别不太大。但是对于稍微复杂一些的结构，随便搞个气相结构随便往表面上放未必能得到合适的结果，甚至更大的体系构象复杂而且构象转换容易，就已经不是随手优化一下就能解决了，要考虑多个构象贡献或者MD。

kaier · 发表于 Post on 2021-11-10 15:17:01

卡开发发发表于 2021-11-10 10:19
算吸附能的时候应该按照自由基优化后结构的能量考虑。如果像自由基这样简单一些的结构，势能面上极小点不 ...

谢谢老师！MD老师有没有什么推荐的方法呢

卡开发发 · 发表于 Post on 2021-11-10 15:38:21

kaier 发表于 2021-11-10 15:17
谢谢老师！MD老师有没有什么推荐的方法呢

这方面建议你可以问问别人，我了解有限。

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