请教gromacs动力学模拟过程中体积出现负值的情况

yangjunfang · 发表于 Post on 2021-11-8 12:41:46

老师们好，我在使用gromacs进行分子动力学模拟之后，计算了体系分子的体积和堆积密度，发现在模拟过程中体积有出现负值的情况，结果如下图，请问这个可能的原因是什么？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-8 21:59:12

看负值时间段对应的轨迹是什么样，并且把盒子边框在VMD里显示出来。如果结构没问题，说明体积信息有误，也许是bug，没有更多你的模拟的信息没法判断。你可以用gmx energy把盒子三个方向边长分别导出来，自己算每一帧的盒子体积。

yangjunfang · 发表于 Post on 2021-11-9 10:47:00

好的老师，谢谢您，还想请教您一个问题，有没有什么命令或方法可以将聚集体移到盒子中间，先使用trjconv -f -s -pbc nojump 在使用trjconv -f -s -o -pbc mol -center效果并不理想，不能将体系分子放在盒子中间

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-12 02:05:12

yangjunfang 发表于 2021-11-9 10:47
好的老师，谢谢您，还想请教您一个问题，有没有什么命令或方法可以将聚集体移到盒子中间，先使用trjconv -f ...

我不知道你说的聚集体是个什么东西，也不知道怎么个不理想法
如果是一些分子形成的簇，应当用-pbc whole，选择将这些分子共同构成的组来居中

yangjunfang · 发表于 Post on 2021-11-13 12:02:13

好的老师，谢谢

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