优化大体系结构（C56H81NO15）经常报错

安卓 · 发表于 Post on 2021-11-22 22:20:17

本帖最后由安卓于 2021-11-22 22:37 编辑

新手第一个任务可能是大体系的原因，总是遇到不收敛的问题。在论坛边学边优化，还是未果，现在这里寻求大家的帮助，先谢谢大家。
方法和基组，因为新手学到了一点皮毛，看着讲义输入的关键词，也看过论坛新手报错尝试过很多调整：包括色散校正等，还是未果。
# B3LYP/6-31G* opt
# B3LYP/aug-cc-pVDZ EmpiricalDispersion=GD3BJ opt
总是报错：不收敛。我也重新画过结构，用GaussianView，ChemDraw重新构建过分子结构，可能是经验不够，还是未能成功。
附件是最新的log日志文件。
谢谢大家，特此寻求大家的帮助。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2021-11-22 23:52:50

分子没加氢
有些格式转成gjf的时候不会自动加氢，需要你手动把氢加上，手动确认每个原子上的氢原子个数都没有问题，再算。此外还要先用gaussview的clean功能，或者做分子力学优化，让不成键的原子之间不要离得太近。
建议多看看计算的文献里的三维分子结构，对正常的分子三维结构是什么样子有个概念（而不是仅停留在chemdraw的二维结构），再做计算

flyingchow · 发表于 Post on 2021-11-23 07:45:21

Openbabel可以自动加氢的

安卓 · 发表于 Post on 2021-11-23 09:20:15

flyingchow 发表于 2021-11-23 07:45
Openbabel可以自动加氢的

谢谢。具体是怎么操作呢？

安卓 · 发表于 Post on 2021-11-23 09:20:39

wzkchem5 发表于 2021-11-22 23:52
分子没加氢
有些格式转成gjf的时候不会自动加氢，需要你手动把氢加上，手动确认每个原子上的氢原子个数都 ...

好的，那我再试试

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