纯离子液体密度不平衡，或误差大

qjy111 · 发表于 Post on 2023-10-12 10:04:41

利用Gromacs进行密度的模拟，但是模拟结果出现不平衡或者误差大。我师兄说是可能要调电荷，但是调完电荷好不容易平衡了，换个温度又出现不平衡，或者误差变大，不符合温度升高，密度下降的规律。我模拟的是纯离子液体，拓扑文件的生成我采用过sobtop和amber+acpype,均会出现上述情况，但是缩小电荷0.8，均平衡。利用amber+acpype产生电荷时会出现阴阳离子电荷加起来不为0，所以需要手动调，想问一下怎样才能使密度平衡，并使误差控制在3%以下。参考文献实验密度是1.11701g/cm3，利用packmol生成的盒子

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-12 11:33:01

继续跑啊，才20ns着什么急，又不是20ns不平衡就永远不平衡了

想加速平衡，尝试使用更小的压浴时间常数或不同的压浴

qjy111 · 发表于 Post on 2023-10-12 14:51:33

sobereva 发表于 2023-10-12 11:33
继续跑啊，才20ns着什么急，又不是20ns不平衡就永远不平衡了

想加速平衡，尝试使用更小的压浴时间常数或 ...

谢谢sob老师，因为我师兄的也是20ns,很快平衡了，我的是因为实验密度1.11701g/cm3，继续跑即使平衡，误差也会更大，所以没有续跑。我的npt1采用的是berendsen压浴，后面npt2采用的是Parrinello-Rahman压浴

sobereva · 发表于 Post on 2023-10-13 04:26:18

qjy111 发表于 2023-10-12 14:51
谢谢sob老师，因为我师兄的也是20ns,很快平衡了，我的是因为实验密度1.11701g/cm3，继续跑即使平衡，误差 ...

我不知道你说的npt1、npt2是什么东西
达到平衡之前始终用Berendsen
力场参数不理想的情况下显然会逐渐偏离实验值

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[GROMACS] 纯离子液体密度不平衡，或误差大

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