含非标准残基蛋白使用pdb2gmx转换结构后，螺旋结构消失，该如何解决？

mtpeng · 发表于 Post on 2024-11-18 21:53:18

各位老师好，我现在想模拟共价修饰后的蛋白，参照论坛上各位高手分享的方法，将修饰的部分构建为非标准残基，成功实现了动力学模拟，但在分析时发现，使用pdb2gmx命令产生的gro文件与初始pdb文件在VMD显示中发生变化，即螺旋结构消失，如下图所示，这是否是显示问题？使用pdb2gmx转化后的结构进行模拟是否影响接下来的构象分析？是否有其他方法能构建共价修饰蛋白并进行模拟而不出现之前的结构变化问题？
PS：附件包含结构文件及一些结构截图，修饰前蛋白（1.png和1gro.pdb）,修饰后蛋白（2.pdb和2gro.png）

student0618 · 发表于 Post on 2024-11-18 22:29:48

不用cartoon改显示全原子就可看到是否一致了。

mtpeng · 发表于 Post on 7 day ago

CPK显示是重合，只是gro文件比pdb多了氢而已

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[GROMACS] 含非标准残基蛋白使用pdb2gmx转换结构后，螺旋结构消失，该如何解决？