求助，MD模拟结束后如何提取其中两个组之间的相互作用能

16whzhengdn · 发表于 Post on 2021-6-26 12:49:23

老师好，我在做MD模拟之前没有定义分组，现在动力学跑完了，能有什么方法提取出两个组之间的相互作用吗？主要是想得到静电相互作用和范德华作用。

panernie · 发表于 Post on 2021-6-26 13:38:48

检查索引组、mdp里面有无能量组，如果无，使用rerun提取

16whzhengdn · 发表于 Post on 2021-6-26 15:07:13

panernie 发表于 2021-6-26 13:38
检查索引组、mdp里面有无能量组，如果无，使用rerun提取

你好，我得到了一个 index.ndx文件的索引组，然后如何执行rerun呢？

高朋满座 · 发表于 Post on 2021-6-26 16:32:40

16whzhengdn 发表于 2021-6-26 15:07
你好，我得到了一个 index.ndx文件的索引组，然后如何执行rerun呢？

先在mdp文件里设定组的名称，利用前面的gro、top文件产生tpr文件，这一步别忘了加上-n index.ndx，最后再用前面的轨迹文件例如xtc执行gmx mdrun......-rerun xtc文件就好了。

具体可以参考手册中gmx mdrun里面的-rerun选项说明

16whzhengdn · 发表于 Post on 2021-6-26 21:54:08

高朋满座发表于 2021-6-26 16:32
先在mdp文件里设定组的名称，利用前面的gro、top文件产生tpr文件，这一步别忘了加上-n index.ndx，最后再 ...

你好，谢谢你，我对这个GROMACS还是不太明白，怎么执行生成tpr文件？请问“利用前面的gro、top文件产生tpr文件，这一步加上-n index.ndx”如何操作

sobereva · 发表于 Post on 2021-6-26 22:27:40

16whzhengdn 发表于 2021-6-26 21:54
你好，谢谢你，我对这个GROMACS还是不太明白，怎么执行生成tpr文件？请问“利用前面的gro、top文件产生tp ...

显然用grompp
和你之前生成tpr的时候一样，只不过这次的mdp里加上了energygrps的设置，并且grompp的命令行后面加上-n index.ndx使得grompp懂得energygrps设的组的具体定义

16whzhengdn · 发表于 Post on 2021-6-28 08:30:29

sobereva 发表于 2021-6-26 22:27
显然用grompp
和你之前生成tpr的时候一样，只不过这次的mdp里加上了energygrps的设置，并且grompp的命令 ...

明白了，谢谢老师。

曦曦弗斯 · 发表于 Post on 2021-11-23 21:52:51

sobereva 发表于 2021-6-26 22:27
显然用grompp
和你之前生成tpr的时候一样，只不过这次的mdp里加上了energygrps的设置，并且grompp的命令 ...

sob老师，我想请问，这样算出的范德华相互作用能和静电相互作用能与MMPBSA方法计算得到的MM项里面的相互作用能有什么区别吗？

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-24 07:34:56

曦曦弗斯发表于 2021-11-23 21:52
sob老师，我想请问，这样算出的范德华相互作用能和静电相互作用能与MMPBSA方法计算得到的MM项里面的相互 ...

没区别

曦曦弗斯 · 发表于 Post on 2021-11-24 09:02:08

sobereva 发表于 2021-11-24 07:34
没区别

明白了，谢谢sob老师

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