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[GROMACS] gmx hhond 计算非N/O元素作为氢键受体的氢键数时出错

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老师好,我要计算四乙基氯化铵(四乙基铵阳离子和氯离子组成)和丙三醇之间的氢键数目。按照讲义上的方法将Cl改成O产生tpr文件,基于这个tpr和之前的轨迹用gmx hbond计算氢键,但氢键数为0。红外表征四乙基氯化铵和丙三醇之间存在氢键。上传了相关文件,麻烦老师帮忙看看问题出在哪啊

hbnum.xvg

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fixedprod.xtc

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发表于 Post on 2023-12-15 21:51:59 | 只看该作者 Only view this author
没拓扑文件,没法判断你怎么改的

由于氯的原子半径大,氢键判断键长阈值需要适当增加。键角阈值也尝试改大
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-15 22:03:34 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 yilan 于 2023-12-15 22:10 编辑
改动地方如图所示,将ions.itp中的CL改为了oh。请问在哪里修改键长和键角阈值啊?

E:/1.png

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1.png

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-12-15 22:10:47 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-12-15 21:51
没拓扑文件,没法判断你怎么改的

由于氯的原子半径大,氢键判断键长阈值需要适当增加。键角阈值也尝试改 ...

将ions.itp中的CL改为了oh。请问在哪里修改键长和键角阈值啊?

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发表于 Post on 2023-12-15 22:24:57 | 只看该作者 Only view this author
yilan 发表于 2023-12-15 22:10
将ions.itp中的CL改为了oh。请问在哪里修改键长和键角阈值啊?

-a和-r,看gmx hbond的help
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