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[综合交流] 请问有没有小分子溶剂在蛋白质表面结合的概率分析工具

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想分析小分子甲醇更乐于呆在蛋白质表面的哪个区域

然后搜到了一个FTMap的网页工具,说能分析hot-spot,但自定义小分子的功能下线了,只能分析默认的16种小分子(有乙醇就是没甲醇)
ethanol, isopropanol, isobutanol, acetone, acetaldehyde, dimethyl ether, cyclohexane, ethane, acetonitrile, urea, methylamine, phenol,
benzaldehyde, benzene, acetamide and N,N-dimethylformamide

① 请问有没有类似的工具

② 或者说能不能vina 多次进行蛋白质全局的分子对接,然后取平均值(计算平均值似乎就不容易吧,每一次排名就不一样)



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发表于 Post on 2021-11-18 05:49:17 | 只看该作者 Only view this author
可以给溶剂里放一个要考察的小分子,跑MD,最后做个空间分布函数统计。为了同样模拟时间内采样更充分,可以适度多加几个被考察的分子
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-18 09:31:45 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 azero 于 2021-11-18 10:35 编辑
sobereva 发表于 2021-11-18 05:49
可以给溶剂里放一个要考察的小分子,跑MD,最后做个空间分布函数统计。为了同样模拟时间内采样更充分,可以 ...

试了试GMX计算SDF,然后用VMD作图
发现ISOVALUE是负值,查了查,负值指的是处于“内部”吧

① ISOVALUE 绝对值越小,小分子更乐于出现在该区域吧
比如 A区域-1 出现了点,而B区域-0.2才出现点,那应该是小分子更乐于呆在A区域吧
② 假设我把A区域进行了氨基酸的突变,使得小分子呆在该区域的频率降低了。怎么对比突变前和后的SDF值

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发表于 Post on 2021-11-19 05:14:12 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2021-11-18 09:31
试了试GMX计算SDF,然后用VMD作图
发现ISOVALUE是负值,查了查,负值指的是处于“内部”吧

理应不会有负值
gmx spatial加上-nodiv再试试

另外,也可以用VMD自带的这个,由于自动做了平滑化处理,效果比gmx spatial更好


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-19 14:29:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-19 05:14
理应不会有负值
gmx spatial加上-nodiv再试试

gmx spatial加上-nodiv 没问题了

能不能标准化?
就是我想对比该区域突变前后SDF的区别

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发表于 Post on 2021-11-20 07:41:57 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2021-11-19 14:29
gmx spatial加上-nodiv 没问题了

能不能标准化?

加上-nodiv后可以直接对比
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-20 20:34:14 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-20 07:41
加上-nodiv后可以直接对比

尝试分析了两条WT的轨迹,vmd的 ISOVALUE 分别为0.135和 0.121,还打算把 ISOVALUE设置为同一值后看点的密度

那该怎么比较来着,还是说用其他软件作图T_T

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发表于 Post on 2021-11-21 06:09:27 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2021-11-20 20:34
尝试分析了两条WT的轨迹,vmd的 ISOVALUE 分别为0.135和 0.121,还打算把 ISOVALUE设置为同一值后看点的 ...

我不知道你说的WT是什么(如果是指wild type,不要没有注明的情况下用缩写)、为什么isovalue设成不同的值,也不知道你具体想做什么、想怎么比
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-11-21 15:34:45 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-11-21 06:09
我不知道你说的WT是什么(如果是指wild type,不要没有注明的情况下用缩写)、为什么isovalue设成不同的 ...



就是说有两条轨迹,ISOVALUE的值设为0的话,“点”的分布是糊的。。
但两条轨迹的“Range”范围是不一样。ISOVALUE的值该怎么设置,才能对两条轨迹中蛋白某一区域的“点”进行比较

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发表于 Post on 2021-11-22 05:39:00 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2021-11-21 15:34
就是说有两条轨迹,ISOVALUE的值设为0的话,“点”的分布是糊的。。
但两条轨迹的“Range”范围是不 ...

得把Draw设成isosurface啊... Points多难看
而且显然Isovalue不可能设成0,0还怎么比。要搞明白等值面图的定义。
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sobereva 发表于 2021-11-22 05:39
得把Draw设成isosurface啊... Points多难看
而且显然Isovalue不可能设成0,0还怎么比。要搞明白等值面图 ...

哦哦,似乎懂了
两条轨迹的Isovalue设置成相同值就行了吧


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发表于 Post on 2021-11-26 10:57:53 | 只看该作者 Only view this author
azero 发表于 2021-11-25 11:19
哦哦,似乎懂了
两条轨迹的Isovalue设置成相同值就行了吧

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