公社群聊Q&A整理：2016.02.01 12 ~ 2016.02.04 23

liyuanhe211 · 发表于 Post on 2016-2-5 03:04:04

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2016.02.01 12:11:40
Q:
有没有人发过jmca, 需要做toc吗
A:
网站上投稿要求没说就不用
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2016.02.01 13:57:19
Q:
请问：我做了TDDFT计算，按照手册上的例子优化了激发态结构。那么用gview如何查看荧光光谱呢
A:
Gaussian中用TDDFT计算激发态和吸收、荧光、磷光光谱的方法
http://sobereva.com/314
Q:
嗯。我已经看了。就是参照这个做的。不过这里讲的是multiwfn显示荧光光谱。不是说gview也可以查看吗，要怎么操作呢
A:
随便点点就会了
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2016.02.01 14:27:32
Q:
我的理解是，TDA不考虑B矩阵，然后结果里没有去激发结果，是不是意味着<ib|aj>实际上描述的是一个电子i上，另一个在a上的情形？感觉是这么回事，但是不敢确定。请老师指点~~
sob老师，请指教[表情]
又被sob老师忽略了吗[表情]....哪位老师有空帮忙解答一下，感激不尽啊自学量化确实感觉好些知识不扎实，真心求教[图片]
就想确认一下我的理解对不对呢？<ij|ab>是库仑相互作用？<ib|aj>是退激发情形下的库伦作用？
我周围是在找不到懂量化的....谢谢老师
A:
那就是个积分而已，含义从积分形式上琢磨一下就知道了
Q:
我知道是积分，展开写我也会，可能是进到死胡同里出不来了.....
哦哦，(ia|jb)是库仑积分，(ia|bj)是交换积分，这样对吗？后者是b,j交换了坐标。我一直都记错了后边部分下角标和坐标的关系。再帮我确认一下吧，谢谢@sanjin
A:
库仑积分是(ii|jj)，交换积分是(ij|ji)
四个不同轨道的时候本来就没法说是交换积分还是库仑积分。
至多讨论出现这样积分的时候源头牵扯到什么。
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2016.02.01 14:31:11
Q:
TDDFT计算中断，还能接着算么？
A:
不能
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2016.02.01 15:41:25
Q:
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cphc.201501002/epdf
CPC一片文章，问“非键两个H最近可以有多近？”利用steric crowding堆出了一堆<1.2AA的
[图片]
嗯，有意思吗？
比赛呗。之前实验搞出了1.56A的非键氢距离。H...H可是AIM界万年不变的老梗之一
那也是
A:
没事找事
----------------------------------------------------
2016.02.01 17:15:42
Q:
请问图中Px，Py，Pz分态密度是如何计算的？
[图片]
A:
对孤立体系可用Multiwfn做，将相应类型基函数定义成不同片段即可，绘图时会把它们的PDOS都显示出来
Q:
那用MS怎么做？
A:
看help
----------------------------------------------------
2016.02.01 20:18:39
Q:
sob老师在吗
sob老师，我在输入文件中加入了
$CHOOSE
BOND 1 14 END
$END
后，计算显示L301错误，请问这是咋回事啊
请问大家会用高斯自带NBO计算中的$CHOOSE命令吗
A:
在$CHOOSE前面一行要写上$NBO $END
Q:
您的意思是不是这样
$NBO $END
$NBO $END
$CHOOSE
BOND 1 14 END
$END
是这样吗
$NBO $END
$CHOOSE
BOND 1 14 END
$END
??
A:
choose里写得不对
仔细看手册的例子
不是光把你想搜索出BD的标出来就行，所有都得标出来，直接完整定义Lewis pattern，哪怕是默认就能搜索到的那些NBO，所以用choose麻烦得要死
[图片]
Q:
我晕啦，那可太麻烦了。那我该怎么办
U-O键就是搜索不到
A:
simple answer：甭用choose
Q:
还有更好的办法吗
A:
向开发者哭诉
Q:
555555555555
我疯啦
那我是不是要把上次那个.out文件里面的所有成键都写出来啊！！！
A:
然
[图片]
Q:
BD*用写吗？
A:
看手册例子
Q:
我晕啊
看的不明白啊！！！
顶
同问
A:
单独找U-O用AdNDP可以，但是没法给出NBO输出里的那些细节信息（怎么由NHO构成的、NBO轨道能）。得到的占据数可能会略微高估
Q:
啊？我不清楚
谢谢
就是说adndp也可以得到轨道组成了？
那能得到什么呢
A:
AdNDP产生的轨道可以像MO一样分析轨道成份，但没法用NAO或NHO的组合来表示
Q:
我只是想知道轨道组成，比如 s xx% p xxx%
哦
谢谢老师
A:
AdNDP足矣
Q:
太好啦
这个adndp写在关键词中？
nbo手册中似乎没有
A:
使用AdNDP方法以及ELF/LOL、多中心键级研究多中心键
http://sobereva.com/138
公开的能做AdNDP的程序仅有Multiwfn
Q:
牛！
请问用multiwfn得到的adndp结果可以和nbo结果进行比较吗？
我的意思是一个分子用adndp，其他的都用nbo，可以吗
A:
没法严格比较，占据数会有略微不同
AdNDP轨道间不是正交的，NBO间都是正交的
Q:
哦，谢谢老师，我先试一下choose，把所有的轨道都输入进去
我这里面似乎没有孤对电子，只输入成键BD就行吧
A:
y
Q:
三四十个BD，眼睛都花了
A:
如群共享里群规所示，字号不要超过12
----------------------------------------------------
2016.02.01 21:26:35
Q:
有人吗
我想算某个体积内粒子的数量应该用什么工具？
A:
用vmd的命令行
Q:
有没有教程啊？我用gromacs
[图片]比如这张图，我想知道虚线范围内的水的数量，应该怎么具体命令啊？ frame有1000针
A:
载入gro，在命令行里输入比如[atomselect top "x>5 and x<25"] num，就得到x在5~25范围内的粒子数
这是以前写的小脚本，显示某一范围内的原子数目，从fps1到fps2，每step帧一输出。
先将以下内容拷到tk console然后回车定义一个新命令rangenum
proc rangenum {select fps1 fps2 step} {
for {set i $fps1} {$i<$fps2} {incr i $step} {
set sel [atomselect top $select frame $i]
puts "$i : [$sel num]"
$sel delete
}
使用例子：rangenum {resname WAT and z>-10.5 and z<11.2} 0 4000 50}
Q:
[表情]
哪里有vmd的脚本教程啊，我去学学
A:
看看手册里的vmd命令，学学tcl语言基础，再看一些网上现成的脚本，多摸索联系就能逐渐掌握了
Q:
[图片]
太多了。。
[图片]
没这么多
A:
确认选择范围无误。
而且脚本输出的是原子数，不是水分子数
Q:
[图片]
不是水分子数吗？
A:
你先在graphics-representation里面把selected atoms设成你要统计的选择语句，看看显示出来到底是不是你要统计的那个范围
显示出来的是你选择语句包含的范围中的原子数
Q:
[图片]
A:
写fps1000毫无意义
proc里面你不要改，那是代码，你自己要怎么统计改的是rangenum运行时后面的那几个参数
Q:
好
奥，这个2.6是2.6A是吧
我还以为是nm
A:
是
Q:
[图片]
还是有点多
[图片]
范围基本没问题
A:
图中水分子的原子数就是二三十个
Q:
17个啊
第1000针
[图片]
好像这个是原子个数
A:
一直就是说原子数啊
Q:
能不能输出分子数啊
A:
选择语句范围前头加上same resid as保证水分子不被z范围截断，然后把输出的原子数除3就完了
Q:
不是求水分子个数么？
A:
y
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2016.02.01 21:35:18
Q:
老师，一个能垒不高但产物能量跟反应物差不多或者略高于反应物能量的反应，发生的可能性或者产率大吗？
A:
产率肯定低，用波尔兹曼分布算一下比例就知道上限了
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2016.02.01 22:18:18
Q:
请问一下大家，在用fchk文件生成电子云的时候出现这种错误问题出在哪里？
[图片]
A:
用Multiwfn计算，如果也没法得到数据，说明fchk文件有问题
Q:
任务是normal termi的，也是很奇怪，我试一下multiwfn吧[表情]
[图片]
老师，是内存不够么？
A:
大抵是你的fchk文件不完整
Q:
但是是normal termination，我再算一次试试。
A:
很有可能formchk转换过程没转换完整
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2016.02.01 23:06:02
Q:
为什么做势能面扫描的时候整数点可以算加了小数就会报错@Sobereva
有人出现过这个事吗
A:
步数必须是整数
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2016.02.01 23:24:30
Q:
gaussian中，溶剂化效应里有dmso么
A:
有
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2016.02.01 23:24:30
Q:
今天老板问我，MP2 能不能只对分子里的某些原子用 frozen core
A:
如果查看内核轨道，看到那些原子贡献的内核分子轨道不同则可以
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2016.02.01 23:50:39
Q:
大家好，有个问题想和大家讨论一下：如何固定geometry，固定electronic state，求能量？
例如，[图片]
图中，M06L优化得到两个能量近似的结构，结构A，对应的单电子轨道A，结构B对应单电子轨道B。我现在想算结构A，对应轨道B的能量？请问如何计算？
是的，直接算单点能
A:
用guess=alter调整一下计算A时候初猜轨道占据方式成为B的末态的占据状态
Q:
用scf=（symm，intrep，qc)可以实现吗
A:
不是一码事，那些关键词没用
Q:
用guess=read直接读取B轨道不可以吗？为什么要自己调？
A:
B的结构和A不一样，直接读B收敛的波函数当初猜未必合适。当然你也可以试，发现不行再自己调初猜占据方式
Q:
试过guess=read了，不行
做完scf，轨道还是会收敛到A轨道
自己调初猜占据方式和直接读有什么区别吗？
自己调也是要调到B轨道，guess=read也是要读B轨道
A:
一般计算时但高斯会自动用harris泛函产生初猜，并确定占据方式，这时候你可以直接用guess=only查看初始占据方式，并用guess=alter或permute直接调整占据方式，这种处理最直接。
从其它体系的chk读就间接许多了
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2016.02.02 00:02:28
Q:
推荐去我们的论坛上发帖
会有更多会员参与讨论
http://ccc.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=806
A:
没事，几句话能说清楚的可以群里讨论，现在群刚建不久讨论量不算很大。复杂的需要图文并茂的，尤其是需要传附件才能说清楚的则建议在论坛讨论
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2016.02.02 12:17:50
Q:
sob老师，在做CDA时，对片段和复合物都用nosymm pop=full IOp(3/33=1)有无问题呢，我看帖子里面说对片段必须用pop=full。
A:
无问题
Q:
好的，谢谢
A:
片段没必要用3/33=1
Q:
好的
A:
使用Multiwfn做电荷分解分析(CDA)、绘制轨道相互作用图
http://sobereva.com/166
Q:
不好意思刚才吃饭去了，正如sob老师的帖子，里面说的很详细。
sob老师，Multiwfn可以做一个开壳一个闭壳的两个片段吗？我试着做了，出错了。
Error: The sum of the number of alpha (beta) electrons of all fragments is uneq
ual to the number of alpha (beta) electrons of the complex! Please check if elec
tron spin flipping option was incorrectly set
Fortran Pause - Enter command<CR> or <CR> to continue.
sob老师，是不是CDA和轨道成分分析是相通的，感觉它们很相似，讨论的时候是不是只用其一就可以了。
A:
不一样。CDA是考察两个片段轨道如何作用时，是以片段单独计算时的MO为基展开复合物的MO。轨道成分分析只能得到复合物MO里面所属各个片段的贡献。而且CDA能给出电荷转移的细节和轨道相互作用图。
你得在载入片段的时候恰当进行自旋翻转才行，否则片段的alpha/beta电子加和与复合物的对应不上。这点在博文以及群共享里的《广义化的电荷分解分析(GCDA)方法》都强调了
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2016.02.02 15:46:20
Q:
请问sob老师，采用B2PLYPD3方法计算的能量，结果如下：
Zero-point correction= 0.116651 (Hartree/Particle)
Sum of electronic and zero-point Energies= -287.276942
SCF Done: E(RB2PLYPD3) = -287.057426209 A.U. after 1 cycles
请问最后一项不是零点能校正之前的能量数值吗？
但是 -287.057426209+0.116651 并不等于给出的 -287.276942
请问我的理解是错在什么地方呢？谢谢 @Sobereva
为什么
优化完的啊
我是从下往上找的是最后给出的结果
已发
A:
你应当取MP2步骤算完给出的E(B2PLYPD3) = -0.28739359343928D+03
-287.39359343928+0.116651加起来就是-287.276942
Q:
sob老师那我应该在输出文件中搜索什么？
[图片]
那SCF Done: E(RB2PLYPD3) = -287.057426209 A.U. after 1 cycles
这个结果指的是什么呢？
A:
那个是双杂化泛函计算过程中的SCF部分的能量
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2016.02.02 15:51:25
Q:
那如果我需要的是不含零点能校正的能量的话，就应该用下面截图中的能量对吧？
[图片]
A:
相当于红圈部分
[图片]
对
Q:
好的明白谢谢大牛 sob老师
请问sob老师，我用双杂化你泛函计算团簇的单点能，经BSSE校正后的能量应该就是截图中的能量对吧？
[图片]
A:
对
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2016.02.02 16:37:06
Q:
请问Sob老师，分子的动力学半径如何表征呢？在研究好多实际问题时，往往动力学半径比几何半径更有意义（如分子与分子筛的作用）
A:
光靠分子自身只能估算，要想准确计算，需要靠做动力学模拟来得到
Q:
光靠分子自身就是用几何半径近似代表动力学半径吗？动力学模拟大概是如何算的呢？烦请老师科普下
5月份的培训班能详细讲这部分内容吗？
A:
实际建立个分子筛进行模拟，看看不同半径设置下能否穿过
第一次培训班没这部分
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2016.02.02 17:24:04
Q:
请问各位老师一个问题：
TDDFT应该没有对分子轨道进行优化，请问是这样吗？
跪谢跪谢跪谢.
A:
是
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2016.02.02 17:47:25
Q:
谢谢sob老师
我在CDA处理时，有以下错误，正如您刚才说的电子数不对，但是我怎么去翻转电子都不对，我的体系是金属原子片段1(有4个单电子)和闭壳片段2形成的复合物，复合物也是闭壳层。
复合物 alpha 43个 beta 43个闭壳
片段1 alpha 8个 beta 4个开壳
片段2 alpha 37个 beta 37个闭壳
所谓的翻转电子自旋是alpha和beta翻转吗？要是的话怎么翻转都不能等于复合物的了，这样的体系能做CDA吗？谢谢
Error: The sum of the number of alpha (beta) electrons of all fragments is uneq
ual to the number of alpha (beta) electrons of the complex! Please check if elec
tron spin flipping option was incorrectly set
Fortran Pause - Enter command<CR> or <CR> to continue.
A:
你片段计算明显不合理，如果复合物、片段2你确认设定得都合理，那么片段1则必须是alpha 6 beta 6
Q:
我们的每个片段是不是都应该是其的低能态的呢
A:
那不一定
应当是最接近于在复合物中的状态
Q:
我复合物是闭壳，片段1是金属离子，其低能态为开壳的
那怎么看片段1接近复合物的状态是什么态，按照这样的做法，可能只能选择金属片段1为alpha 6 beta 6，才可以，可是金属片段1这样的态不是它的低能态。
不知道这种CDA相互作用图，是否必须为各自片段的低能态，如果不是的话，又感觉不太对
A:
Sobereva(190258442) 17:49:15
应当是最接近于在复合物中的状态
Q:
也就是能和复合物对上的态，那我就用alpha 6 beta 6作为片段1
A:
y
----------------------------------------------------
2016.02.02 18:26:51
Q:
sob老师，不好意思，再打扰下，CDA结果中，是不是简并轨道的d,b都应该一样的，但是我的结果中竟然不一样还差的很远，但是我结构优化文件里面确实是简并的轨道。
A:
不一定一样，和朝向有关
只有当两个简并轨道与另一个片段的作用是等价的，CDA结果才是等价的
----------------------------------------------------
2016.02.02 18:38:23
Q:
我有一个问题想请教一下，我再优化一个阳离子的过程中结算结果显示倒数第三次迭代计算的时候 Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.000026 0.000450 YES
RMS Force 0.000007 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.001700 0.001800 YES
RMS Displacement 0.000506 0.001200 YES
有四个yes，到最后一次的时候成了二个yes
Item Value Threshold Converged?
Maximum Force 0.000026 0.000450 YES
RMS Force 0.000007 0.000300 YES
Maximum Displacement 0.016563 0.001800 NO
RMS Displacement 0.003501 0.001200 NO
Predicted change in Energy=-1.329443D-07但最后是normal termination 请问这是什么原因呢？这算是优化成功吗？谢谢[图片]
这是结果文件
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
[图片]
----------------------------------------------------
2016.02.02 20:25:19
Q:
谁能帮我下载两篇文献？先谢谢了http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/cctc.201301035/abstract
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/anie.201504271/abstract
A:
求sci-hub能下文献一次，违规已记录，扣6分，扣满12分将被移出本群，详见群共享群规
----------------------------------------------------
2016.02.03 09:15:33
Q:
[图片]各位老师晚上好，打扰了，学生在跟着手册计算Hirshfeld电荷的时候遇到了一些问题
输入7,1命令后，出现如下提示[图片]这是让我选择方法基组计算吗？
选择了之后又出现[图片]这是让我输入高斯路径吗？
A:
用最新版本Multiwfn程序，直接就内置了原子密度，用不着调用高斯来算原子波函数文件
----------------------------------------------------
2016.02.03 09:16:15
Q:
如果TD-DFT不优化轨道的话，那么TD-DFT怎么给出电子云密度啊？
A:
TDDFT会给出激发态行列式的线性组合，对应于激发态密度
----------------------------------------------------
2016.02.03 09:19:04
Q:
我也输入了之后发现高斯被调用了，并出现[图片]
但是高斯实际上并未运行[图片]
而原先的文件夹出现了[图片]元素的gjf文件
却并没有进一步运行了
我试着运行了gjf文件，却发现[图片]出错了
觉得有点困惑，不知道是什么地方出了故障，还麻烦算过的老师有空帮我看看，谢谢了
A:
而且你输入高斯路径的时候应当是g09.exe而不是g09w.exe，后者只是个GUI的壳
----------------------------------------------------
2016.02.03 18:28:00
Q:
请问如何查看fftw库是否安装
A:
硬盘上搜下有没有名字包含fftw的库
----------------------------------------------------
2016.02.03 20:31:30
Q:
[图片]
再一次遇到用wfn出错但可以正常读取fchk做AIM分析的情况
难道和用了全电子基组考虑了相对论效应有关？
A:
wfn文件本身有毛病，打开检查一下
----------------------------------------------------
2016.02.03 20:45:23
Q:
你好！请问你知道怎么Use methods B3LYP and HF to find transition states for insertion of ethene in Li-C bond of CH3Li. 具体在gaussian怎么操作? 谢谢啦!!!
A:
Exploring Chemistry With Electronic Structure Methods书里面有高斯找过渡态的例子，先练着做做搞明白过渡态搜索基础操作。然后自己猜一个这个反应的可能的过渡态结构，按照常规方法去搜索其过渡态。
----------------------------------------------------
2016.02.03 21:36:40
Q:
[图片]
发现一个typo[表情]
A:
下个版本手册中将更正
----------------------------------------------------
2016.02.03 21:38:53
Q:
在，请问你tddft断了能不能继续算
A:
不能不能不能
----------------------------------------------------
2016.02.04 11:12:46
Q:
恩，好的好的，我在帖子中看到说，Multiwfn不支持读取mopac的分子轨道。所以才想了下那个折中办法.
多谢切嗣老师的热心.[表情][表情][表情]
跪谢跪谢剑宗老师分享经验。
但我不确定mopac是否能够输出fchk文件，待我google下.
A:
Multiwfn不支持半经验用的slater轨道，所以才没法支持MOPAC。半经验用的不是STO-3G
高斯里ZINDO实际上从形式来讲就是半经验+CI了，只不过包含一些拟合参数，都用不着MOPAC。而且一般半经验直接做CI的结果也不好，明显不如ZINDO
MOPAC产生不了fchk文件，原理上来说，若Multiwfn支持slater轨道，是可以在MOPAC里写aux关键词，来从.aux文件中读取轨道系数和基函数定义的，这类似于fchk文件
----------------------------------------------------
2016.02.04 13:23:08
Q:
[图片]
这是什么鬼？
一张gif图片
A:
正在从期刊服务器上提取数据，因为之前没人下载过此文章
换个规矩点的浏览器就能看到进度条
----------------------------------------------------
2016.02.04 13:43:41
Q:
高斯菜鸟请教一下，[表情]高斯算团簇红外光谱，是否就添加关键词FREQ即可？是否基组也用和opt一样的基组，另外，通常红外光谱还需要通过校正因子校正，这个校正因子的数值怎么可以查到？谢谢。
A:
是
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
----------------------------------------------------
2016.02.04 13:46:56
Q:
甲基丙烯酸、乙二醇二甲基丙烯酸酯、再加一个不相关的化合物共聚合，请问这样的体系能模拟吗
能
虽然不知道你要模拟啥
模拟聚合
真滴啊
用高斯？
说实话我不太清楚用什么，
用高斯就是终生的事业了
难得搞但能搞
A:
在于你想从什么角度讨论聚合过程
不确定一切细节就没法计算
Q:
要确定什么细节呢
我很想学习聚合物反应模拟……
A:
想得到什么？过渡态结构？反应能量？电子结构的变化？聚合的动态过程？
Q:
聚合物的动态过程和最总状态
最终状态
A:
字号不要超过12号
群规有写
Q:
哦
A:
拿高斯优化、算过渡态，很routine的问题
再走个IRC
Q:
嗯，
我在写基金，有感兴趣参与的吗
设计到模拟
然后呀然后研究动力学过程还要呀还要模拟动力学~
A:
牵扯到这个就复杂了
Q:
是的呀是的
A:
所以姑且假装先不提
Q:
高分子是不是大多数都是MD、DPD之类的模拟的呀
A:
对
Q:
问个实际的问题，帮着模拟一次多少钱啊
sob来生意了给你个参考[表情] http://www.keinsci.com/service/fee.shtml
话说多尺度模拟是不是工程量很浩大的啊 [表情]我总感觉好高大上
A:
看你具体怎么考察，反正用高斯很不好考察
----------------------------------------------------
2016.02.04 14:06:04
Q:
请问multiwfn可不可以批量处理任务?
A:
手册5.3节，实例：
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
制作动画分析电子结构特征
http://sobereva.com/86
看 M u l t i w f n 手册
&看博文看博文看博文
Q:
手册5.3节，实例：
通过键级曲线和ELF/LOL/RDG等值面动画研究化学反应过程
http://sobereva.com/200
制作动画分析电子结构特征
http://sobereva.com/86
这两个网址我打不开
A:
[图片]
多刷新多等待多刷新多等待多刷新多等待多刷新多等待
Q:
ok
一个也打不开
A:
打不开是自己的网或者机子或者浏览器的问题
Q:
我不急，我等等
不好意思，我好想没有问研究化学反应过程的问题
A:
博文里有用Multiwfn做批处理的例子啊！
无关的怎么会贴上
----------------------------------------------------
2016.02.04 14:12:15
Q:
sci_hub.org变成什么了？
A:
看群规看群规看群规
看群共享看群共享看群共享
Q:
[图片] 【话唠】天涯思情分享文件 14:17:27
"思想家公社群规章制度（2015-Dec-22）.txt" 下载
学吧
A:
一直就在群共享里一直就在群共享里一直就在群共享里
Q:
今天sob老师说话都带回音的[表情]
A:
重要的事情要说三遍
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2016.02.04 14:14:24
Q:
搞化学模拟的研究生好找工作吗
很好找是吗
A:
乱谈计算化学领域的研究生就业问题
http://sobereva.com/241
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2016.02.04 14:23:59
Q:
有人和我提起spin-orbit correction，但我不是太懂，请问如何在gaussian计算中考虑这个因素?
那么这个spin-orbit correction在什么体系下是比较重要，不能忽略的呢？
A:
对第四周期以后的原子，有时比较重要，视体系和研究的问题而定。前几周期原子讨论磷光问题也需要考虑
Q:
那太好了，我做的只是简单的c h o原子和化合物~那么关于讨论spin-orbit correction在不同情况下重要性的paper，不知道sob大大可否推荐一二？
A:
基本都不用考虑，除非计算磷光这样自旋禁阻问题，不考虑SOC没法算振子强度
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2016.02.04 14:30:06
Q:
如果用6-31G(d) 硒（Se）的基组需要另外定义吗？要用 aug-cc-pVDZ 吗？
A:
6-31G*姑且可以
lanl08更好
用不着aug-cc-pVDZ，毫无好处
Q:
lanl08 针对 Se 原子对吧
嗯谢谢老师
A:
[图片]
Q:
嗯是说群规= =
A:
lanl08对一批原子都能用，看EMSL
第四周期开始鼓励用赝势基组
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2016.02.04 14:36:02
Q:
[图片]sci-hub.io刷了半天一直显示空白是不是网速的问题啊
A:
对有些文章页面就是没法显示，隔三差五试试，一直空白页面就说明没戏了
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2016.02.04 16:19:21
Q:
赖文的量子化学有中文的吗？
有
不过蛮老的……
A:
第二版有，内容早已过时
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2016.02.04 16:23:26
Q:
请问gaussview中测量工具测量的长度单位是诶吗？我做单晶结构的优化，和实际单晶衍射测量出来的长度误差达到10%
这样的结果如何改善呢？
A:
是
考虑计算的模型是否和实验有可比性
Q:
计算是b3lyp,CNH是6-31G*,金属离子Pd是LanL2DZ。，溶剂是水，PCM模型
A:
1 分子孤立状态优化的结构和晶体中的结构没有严格的可比性，特别是柔性分子
2 晶体结构中氢原子位置是明显不准的
3 优化用的级别必须合理
Q:
好的，谢谢老师
老师，那一般误差多少以内就比较合理了呢？
30多原子的柔性配体
A:
根本就没有可比性
也就能比较一下里面某些配位键长度之类，这受晶体环境影响小
而且此时优化分子时候应当用真空
Q:
我就是量的配位键，但误差还是这么大
A:
改成真空，增大基组，轻原子TZVP，Pd用Lanl2TZ或SDD，结果还不好泛函改成BP86再试
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2016.02.04 16:35:35
Q:
手机现在八核4g是不是真能跑起高斯来
A:
根本就没有可比性
Q:
浮点不行
A:
手机跑高斯就是噱头
手机当个client看看结果也就罢了
Q:
这个还是可能的
嗯，极有可能代替PC
我觉得用手机什么的太不方便，及时用 QQ ，微信也都不习惯
A:
搞科研的人没必要过度“移动化”
Q:
移动也最多是用笔记本电脑
云计算加移动还是大趋势
或者平板看看文献看看书什么的……
ARM架构不行，根本跑不起来。用raspberryPi试试，发现根本不行，对处理速度有要求的就是跑不起来。
A:
搞科研的人更应该分清什么是泡沫
Q:
泡沫是什么？
A:
无意义的、没实际价值的技术、技术和概念上的炒作
Q:
哦，got it，thank you，sob
A:
很多曾经一时吸引眼球的东西炒一炒就偃旗息鼓了，没有然后了
Q:
借炒作吸引人眼球，就像流行感冒一样，就那一阵
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2016.02.04 16:35:35
Q:
[图片]
电脑重启一直这样，大家有知道怎么弄
A:
很多曾经一时吸引眼球的东西炒一炒就偃旗息鼓了，没有然后了
Q:
开机自己进入BIOS？
A:
仔细看看开机时候自检信息
且看看BIOS里认出硬盘没有
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2016.02.04 17:00:31
Q:
sob老师，我看了您的《跃迁密度分析方法-自然跃迁轨道(NTO)简介》帖子，计算了一个结构，对其中的第37个激发态感兴趣，想做NTO分析，用了一下关键字：
#p CAM-B3LYP/gen Pseudo=Read symm=loose pop(saveNTO,NTO) density=transition=37
可是计算出错了，不知道为啥，错误信息如下：
SCF Done: E(RCAM-B3LYP) = -8364.32624134 A.U. after 21 cycles
NFock= 21 Conv=0.44D-08 -V/T= 2.0059
KE= 8.315453580372D+03 PE=-2.302453637695D+04 EE= 4.815060401775D+03
Leave Link 502 at Thu Feb 4 16:53:00 2016, MaxMem= 2147483648 cpu: 89.9
(Enter /home[表情]ojun/g09/l601.exe)
Copying SCF densities to generalized density rwf, IOpCl= 0 IROHF=0.
Transition densities not found by NTOOrb.
Error termination via Lnk1e in /home/g09/l601.exe at Thu Feb 4 16:53:01 2016.
A:
写上TD
nstates至少37，建议50
Q:
为何不是至少39？
A:
太险
Q:
您的意思是，再加上TD计算的关键字吗td(nstates=50)
我看帖子里面的NTO好像没加，如
# cis/6-31+G* pop(saveNTO,NTO) density=transition=1
默认的
A:
CIS本来就是激发态计算方法
Q:
#p CAM-B3LYP/gen Pseudo=Read symm=loose td(nstates=50) iop(9/40=2) pop(saveNTO,NTO) density=transition=37
以上的计算，就可以得到第37个激发态的NTO了，对吧
这样计算好像把TD又重新做了一遍
A:
对
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2016.02.04 17:06:16
Q:
老师，理论红外和实验红外频率相差多少以内可以接受？我的实验2200cm-1，理论计算是2260cm-1，可以吗
A:
可
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2016.02.04 17:07:24
Q:
有没简单办法判断算出来的最大跃迁组成是否有较大可能超过50%？
是的
但不需写singlet吗？
NTO要一个态一个态的算，而且有时最大跃迁组成也不过半，导致不能用来讨论归属。
A:
可以先用个小基组尝试一下
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2016.02.04 17:33:37
Q:
关于谐振频率校正因子，如果没有实验值，怎么选择校正因子呢？是否直接用您博文里提到的1.104
A:
根据理论方法和基组选用，都是前人对比计算级别和实验数据拟合好的
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2016.02.04 17:36:47
Q:
老师，一般构象搜索用什么计算水平比较好呢？ MMFF94力场能进行初步筛选吗？还是直接用密度泛函比较好呢？
A:
MMFF94可以，用半经验更稳健
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2016.02.04 20:00:40
Q:
最近在用Gaussian优化一个小分子链状N8的二价阴离子，尝试了群中各位专家提供的各种方法，但都以不收敛失败，请各位专家能否提供一个可行方法。谢谢！
A:
上输出文件
不要用RO，基组先用6-31+G*，极化函数加那么多无用。opt不要先用tight。写rfo是多余的。nodiis先去掉
Q:
Sob老师，按照您的指导用# opt rob3lyp/6-31+g(d) geom=connectivity scf=(novaracc,fermi)还是失败。错误信息如下。
Spurious integrated density or basis function:
NE= 51 NElCor= 0 El error=1.25D-01 rel=2.55D-03 Tolerance=1.00D-03
Shell 34 absolute error=2.83D-04 Tolerance=1.20D-02
Shell 13 signed error=1.53D-05 Tolerance=1.00D-01
Inaccurate quadrature in CalDSu.
Error termination via Lnk1e in d:\G09W\l502.exe at Thu Feb 04 20:38:47 2016.
Job cpu time: 0 days 0 hours 0 minutes 16.0 seconds.
File lengths (MBytes): RWF= 10 Int= 0 D2E= 0 Chk= 1 Scr= 1
A:
都说啦，别用RO，难收敛得很！
去了若还有这问题用int=ultrafine
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2016.02.04 20:37:37
Q:
群主，请问使用APEX，窗口一下子出了很多结果，有什么办法可以让它分屏出结果，或者输出一个txt文件？
A:
重定向到文本文件
Q:
怎么操作？
A:
用>
Q:
cat > result.out？
ls >result.out？
A:
运行apex用的命令行 > result.txt
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2016.02.04 20:57:46
Q:
这个方法太不靠谱了，通过HOMO=0.8orb(O)+0.2orb(H)认为O的贡献就是0.8就是不靠谱的计算
有计算出分子轨道系数的功夫早就顺便把<r>计算出来了，还用这么绕弯子
A:
HOMO那种表示不准确，没归一化
如果0.8、0.2是指对HOMO的贡献，那样用点电荷也得不到准确偶极矩，你还得考虑原子偶极矩
这是为什么Hirshfeld原子电荷计算分子偶极矩极烂，但是把原子偶极矩等效地纳入原子电荷而得到的ADCH原子电荷可以精确重现分子偶极矩。
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2016.02.04 21:28:07
Q:
请教一下，[图片]
出现这个是什么错误
[图片]这是我的。bashrc
A:
确保scratch目录确实是存在的
Q:
这个要怎么做？
A:
没必要定义PATH环境变量
Q:
确保
A:
看看有没有，没有就自己mkdir建
要定义g09root
Q:
scratch已经建立，定义g09root的意思？是在。bashrc里export g09root="g09的目录"吗
A:
[图片]
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2016.02.04 22:32:20
Q:
老师:您好！请问文献中说的valence electronic configuration是什么的输出结果呢？在哪可以看到呢？谢谢……例如:1σg21σu2(抱歉用的是手机所以不能用上下标，请老师见谅)
A:
高斯算完后的这部分
[图片]
Q:
嗯，是的……[表情]
老师:您好！我看了 opt和nbo的输出文件，我找到了您截图的地方，可是没看到类似1σg21σu2的输出，请问是什么任务的输出文件呢？
A:
必须是线性分子才有那种输出
Q:
我查了一下线性分子,百度上说对称性应该属于C∝v或者是D∝h,我的对称性是D3h,这是符合吗？
A:
我是指所有原子排成一条直线的情况，高斯才有那样的输出
Q:
嗯，好的，明白了，谢谢老师，可是我看的文献中他说是Al42-,用的也是高斯优化的，请问这是怎么回事呢？
A:
你先看看levine量子化学关于双原子部分，弄清楚那些符号含义
Q:
嗯，好的
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2016.02.04 23:44:07
Q:
求助一篇文献，手机上浏览到的，下载不了，帮忙传群共享，谢谢 http://pan.baidu.com/s/1gdZDtHx#opennewwindow
A:
改天用电脑下不就完了[表情]
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