求助：VESTA如何获得差分电荷图的横截面图

VicX · 发表于 Post on 2024-1-2 20:49:41

本帖最后由 VicX 于 2024-1-2 20:52 编辑

各位老师好，我想请教关于差分电荷密度图及电荷局域密度图的几个问题

1. 在有吸附物下通过AB-A-B可以绘制差分电荷密度图，那在没有吸附物的模型上要如何进行差分电荷密度图的绘制，例如图片里这篇文献

2.在已经获得差分电荷密度图的情况下，我尝试在vesta里面通过2d data display来获得截面，但是并没有电荷分布的投影。以上传的图片为例，要如何从b c图获得d e图呢，(另外，通过ELFCAR可以在vesta里面使用2d data display是可以来获得截面)

文献：doi.org/10.1002/anie.202308044

sobereva · 发表于 Post on 2024-1-3 03:09:06

密度差图用来表示电子密度的变化，显然必定得先明确是什么过程导致的变化，诸如分子吸附、外电场、固体界面间接触、孤立原子原子形成化学体系（变形密度，参考http://sobereva.com/113）、电子得失、电子激发，等等。具体看文章中的相关讨论弄清楚图像指的是什么过程，文中没说清楚就问作者

那就是个截面图而已，基于电子密度格点数据，Multiwfn、VESTA都能直接产生。
至于如果是指比如某个Z范围内的格点的平均值的XY的平面图，可以用Multiwfn主功能13的选项5 Output average data of XY planes in a range of Z to output.txt来得到文本文件，之后再用sigmaplot等作填色图

VicX · 发表于 Post on 2024-1-3 08:57:37

本帖最后由 VicX 于 2024-1-3 08:59 编辑

sobereva 发表于 2024-1-3 03:09
密度差图用来表示电子密度的变化，显然必定得先明确是什么过程导致的变化，诸如分子吸附、外电场、固体界面 ...

谢谢社长的解答，我了解了

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-1-3 09:31:52

VicX 发表于 2024-1-3 08:57
谢谢社长的解答，我了解了

1、仅就差分电荷密度来说，一般对吸附体系的定义没办法对没吸附的情况来进行讨论。文献的两幅图都是有吸附的物质，具体是什么物质在吸附这里不能看的很清楚，需要到原文仔细阅读。
2、从以下几点出发试试：
（1）先把等值面显示出来，例如5e-3 e/Ang^3，先看看等值面形状是否正常显示以及大致合理。
（2）Vesta左侧鼠标模式调整为选中模式，此时不能拖拽旋转体系，只能拖拽框选或者按住shift多次点选多个原子，一般建议选择三个原子，这是为了方便等一下构造的切片能够穿过这三个原子构成的平面。
接下来会有两种做法：
（3a）菜单栏中的Utilities->2D Data Display打开2D数据显示窗口。
（4a）点击该窗口的Slice...按钮，弹出Slice Properties对话框，点击Calculate the best plane for the selected atoms，这时候已经获取到了切片的Miller指数等信息，点击OK后在这个2D数据显示的窗口就显示了这个切片数据。
（5a）左侧的选项卡可以调整填色模式，如Colormap默认为BGR，你也可以改为K-R-W-B-K，以及Colormap对应的值的上下范围，在Saturation levels下面进行调整。这里看个人审美，不做具体讨论。
另一种：
（3b）在菜单栏Edit->Lattice Plances打开Lattice Plances的对话框，在Add lattice plances中有一个New按钮，点击建立一个Plane同时可以看到Calculate the best plance for the selected atoms，点击后将会调整其Miller指数等信息，点击OK主界面模型上将会产生一个Slice的plane。
（4b）在菜单Objects->Properties->Sections选项卡中，可以调整Sections and slices，然后一样可以调整颜色配置，与上面参数类似就不再重复叙述。
上述两种方法的差别在于a方法的切片是专门显示在2D Data Disyplay的窗口，没有原子和等值面等信息，如你提供的文献，b方法则是显示在主界面，并且包含原子和等值面等信息。

cyx98 · 发表于 Post on 2024-1-3 10:06:56

4L讲得很清楚了。之前学习这个的时候发现一个很详细的PPT

lycheeho · 发表于 Post on 2024-9-23 17:27:19

卡开发发发表于 2024-1-3 09:31
1、仅就差分电荷密度来说，一般对吸附体系的定义没办法对没吸附的情况来进行讨论。文献的两幅图都是有吸 ...

你好！请问2D图像切出来等值面太小怎么办呢？

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-9-23 18:24:26

lycheeho 发表于 2024-9-23 17:27
你好！请问2D图像切出来等值面太小怎么办呢？

也许你可以更改一下填色规则的上下限。

旁边有堵墙 · 发表于 Post on 2024-9-25 15:57:20

卡开发发发表于 2024-9-23 18:24
也许你可以更改一下填色规则的上下限。

老师您好，更改上下限以后截面上会有虚线，如何能让这些虚线不显示呢？

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-9-25 19:24:34

旁边有堵墙发表于 2024-9-25 15:57
老师您好，更改上下限以后截面上会有虚线，如何能让这些虚线不显示呢？

我不知道你指的虚线是什么，你可以截图看看。

旁边有堵墙 · 发表于 Post on 2024-9-25 19:38:37

卡开发发发表于 2024-9-25 19:24
我不知道你指的虚线是什么，你可以截图看看。

老师，我发了一个帖子，里边有相关图片

旁边有堵墙 · 发表于 Post on 2024-9-25 20:18:13

@卡开发发老师，这种情况应该如何让虚线不显示呢

卡开发发 · 发表于 Post on 2024-9-25 23:52:32

旁边有堵墙发表于 2024-9-25 20:18
@卡开发发老师，这种情况应该如何让虚线不显示呢

这个我不太清楚，按道理不该会有这些线，也许你可以试试再稍微微调一下范围。

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[建模与可视化] 求助：VESTA如何获得差分电荷图的横截面图

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