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[GROMACS] 使用Gromacs设置tc-grps如何实现输出protein和no protein的温度?

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设置一个蛋白质在水中的体系的模拟过程。用tc-grps = protein Non-protein 分别设置ref-t = 300 和 200,想看局部控温的情况,在输出文件中只看到protein和 Non protein的平均温度,并不能看到每一步的protein和Non protein的分别的控制温度,我应该怎么做才能实现protein 和 Non protein的温度都出现在输出文件中?


202112072006558385..png (480.13 KB, 下载次数 Times of downloads: 13)

在nvt.log文件中只有两个的跑完模拟后的平均温度

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202112072005329456..png (679.34 KB, 下载次数 Times of downloads: 23)

nvt.mdp文件中设置protein和non protein分别是300K 和200K

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在temperature.xvg中曲线图

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发表于 Post on 2021-12-8 00:02:04 | 只看该作者 Only view this author
看清楚板块再发贴,求助学术贴不得发到“公社大厅”板块,不要扰乱论坛秩序,公社大厅板块http://bbs.keinsci.com/forum-79-1.html版头超级巨大的红字都看不到么?这次给你移动了,下次如果普通学术求助帖再发到“公社大厅”板块,直接删帖+记违规+扣分处理。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
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发表于 Post on 2021-12-8 08:49:07 | 只看该作者 Only view this author
gmx energy从edr文件中可以提取指定的控温组的温度变化

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-8 09:08:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-8 00:02
看清楚板块再发贴,求助学术贴不得发到“公社大厅”板块,不要扰乱论坛秩序,公社大厅板块http://bbs.keins ...

感谢社长 下次一定注意
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-8 09:15:42 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-8 08:49
gmx energy从edr文件中可以提取指定的控温组的温度变化

谢谢 社长
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