“第10届量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班将于5月4-8日于北京举办,这是一次性完整、系统学习波函数分析的各种理论知识和全面掌握强大的Multiwfn波函数分析程序使用的最不可错过的机会!请点击此链接查看详情和报名方式,欢迎参加!

“第18届北京科音分子动力学与GROMACS培训班” 将于5月23-26日于北京举办。这是一次性全面、系统学习分子动力学模拟知识和最流行的分子动力学程序GROMACS的关键机会!报名正在进行中,请点击此链接查看详情,欢迎参加!

计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 2348|回复 Reply: 1
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 求助xtc文件盒子边界怎么读取

[复制链接 Copy URL]

66

帖子

0

威望

429

eV
积分
495

Level 3 能力者

想问下,用C读取xtc文件,read_xtc读取的box张量对角元(box[0][0],box[1][1],box[2][2])是盒子三个方向的长度,如果想知道盒子左右边界的坐标呢?比如盒子在x方向的左右边界是box[0][1]和box[1][0]嘛?(我猜的不知道对不对),因为在建模型时候盒子中心不在(0,0,0),所以想在每一步读取的时候知道盒子左右边界坐标然后做进一步计算



316

帖子

2

威望

4013

eV
积分
4369

Level 6 (一方通行)

2#
发表于 Post on 2021-12-6 15:50:40 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 lyj714 于 2021-12-6 15:54 编辑

和lammps导出的文本轨迹盒子信息不一样,没有左边界,或者说是0 0 0,方形盒子的长宽高就是边界上限,就是box的主对角线,和原子坐标没关系

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-4-15 14:10 , Processed in 0.191483 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list