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[建模与可视化] 请问如何建立文献中的溶液模型

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请问如何建立图中的模型呀,尝试了建立晶胞,然后直接把分子复制进去,但是跑AIMD的时候有些分子就散架了。

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发表于 Post on 2021-12-23 10:21:34 | 只看该作者 Only view this author

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-23 10:25:12 | 只看该作者 Only view this author
waitingseven 发表于 2021-12-23 10:21
可以用packmol,http://leandro.iqm.unicamp.br/m3g/packmol/home.shtml

好的,非常感谢,我去试试。

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发表于 Post on 2021-12-23 14:06:59 | 只看该作者 Only view this author
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473http://bbs.keinsci.com/thread-12549-1-1.html
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-24 09:17:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-23 14:06
分子动力学初始结构构建程序Packmol的使用
http://sobereva.com/473(http://bbs.keinsci.com/thread-1254 ...

感谢社长,我有一个疑问,将pockmol生成的pdb文件拉入multiwfn,生成inp文件后,cp2k运行报错 CPASSERT failed(qs_mo_types.F:290),将pdb文件放入MS再建立晶胞导出cif后,重新使用wultiwfn生成的inp文件就能正常运行了,前后的文件只有原子坐标&COORD &END COORD这部分坐标略有区别,其余部分完全一致,请问是packmol生成的文件有问题吗?

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发表于 Post on 2021-12-24 12:59:49 | 只看该作者 Only view this author
kcd 发表于 2021-12-24 09:17
感谢社长,我有一个疑问,将pockmol生成的pdb文件拉入multiwfn,生成inp文件后,cp2k运行报错 CPASSERT fa ...

packmol
Multiwfn
先从拼对程序名做起
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2021-12-24 13:01:57 | 只看该作者 Only view this author
kcd 发表于 2021-12-24 09:17
感谢社长,我有一个疑问,将pockmol生成的pdb文件拉入multiwfn,生成inp文件后,cp2k运行报错 CPASSERT fa ...

必须用最新版Multiwfn
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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