[GROMACS] 重复plumed教程出现一些疑问

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发表于 Post on 2024-3-21 09:29:51 | 只看该作者 Only view this author |只看大图 View big picture 回帖奖励

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请教一下各位老师，我在重复plumed的评估自由能的过程中出现了一些问题，如图所示。这个教程是通过pdb文件进行的模拟，我使用的是gro文件，itp文件使用sobtop生成。正常情况下得到的结果我的理解应该是左右对称的，如图片所示（从-派到派），但我模拟出来的结果是从-3.14到2.9，缺失了一部分，请问一下大家有人知道这是什么原因吗（附上我的文件

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