求助建立未知COF的晶胞

xinxinup · 发表于 Post on 2021-12-15 09:10:35

本帖最后由 xinxinup 于 2021-12-15 09:15 编辑

各位老师好！
   我已获得3D-COF的实验XRD数据，想要构建其晶胞，并计算模拟XRD，与实验XRD进行对比。我目前找了个相似的COF结构，施加对称性，并在此基础上改了改，变成我所预测的结构。随后用力场粗略优化后，接着用castep优化。
   得到的模拟XRD图谱的小角主峰能很好地对上，但是大角的小峰基本对不上。Zeo++测得的孔径，和氮气吸脱附测得的的孔径差别有0.2nm（文献上一般<0.05nm）。
   想向大家请教下该做什么样的修改，让孔径也能很好的对上。
感谢各位老师。

indec · 发表于 Post on 2021-12-15 09:33:13

你需要做的不是用计算化学的手段去优化结构，应该用晶体学方法和手段去精修结构。孔径差 2 A 说明目前的结构根本不是你要的结构

swordshine · 发表于 Post on 2021-12-15 10:41:56

没有必要用castep优化，有实验数据精修就可以了。3D-COF建模要注意有多层嵌套的情况，建模的时候多考虑几种情况

xinxinup · 发表于 Post on 2021-12-15 19:42:45

indec 发表于 2021-12-15 09:33
你需要做的不是用计算化学的手段去优化结构，应该用晶体学方法和手段去精修结构。孔径差 2 A 说明目前的结 ...

想请教下您，怎么去精修，因为对精修这块还不了解，有推荐的精修教程吗？

indec · 发表于 Post on 2021-12-16 05:50:46

去搜一下 fullprof ，GSAS 这两软件的教程就行了。先确定拓扑网络，然后还要考虑是否有穿插。

xinxinup · 发表于 Post on 2021-12-16 09:24:26

本帖最后由 xinxinup 于 2021-12-16 09:40 编辑

indec 发表于 2021-12-16 05:50
去搜一下 fullprof ，GSAS 这两软件的教程就行了。先确定拓扑网络，然后还要考虑是否有穿插。

我是根据文献报道的3D-COF（有两个单体合成），改了其中一个单体。根据文献报道的构型，大概能想象到我的3D-COF构型。就是用计算化学的方法优化不出来，一定得用晶体学方法精修吗？因为我对晶体学了解很少。

indec · 发表于 Post on 2021-12-16 14:56:05

xinxinup 发表于 2021-12-16 09:24
我是根据文献报道的3D-COF（有两个单体合成），改了其中一个单体。根据文献报道的构型，大概能想象到我的 ...

计算化学手段不能预测拓扑和穿插。目前你就是需要用 PXRD 数据去精修出结构啊。
（BTW 你做 COF 合成，怎么都要懂一些晶体学的。

xinxinup · 发表于 Post on 2021-12-16 19:44:26

indec 发表于 2021-12-16 14:56
计算化学手段不能预测拓扑和穿插。目前你就是需要用 PXRD 数据去精修出结构啊。
（BTW 你做 COF 合成， ...

明白了，感谢

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