如何使用VMD测量和显示氨基酸残基到金属离子中心的距离？

qwer1234 · 发表于 Post on 2021-1-16 16:48:12

菜鸟级人物向专家咨询：
如何使用VMD测量和显示氨基酸残基到金属离子中心的距离？或者如何在VMD中找出距离配体3A范围的氨基酸残基？
谢谢各位的宝贵意见

sobereva · 发表于 Post on 2021-1-17 04:15:40

如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“蛋白质与金属离子结合位点”改了，以后务必注意

“氨基酸残基到金属离子中心的距离”语义不明。残基那么多原子，你得说清楚哪个原子到金属的距离

用选择语句里的within实现找出距离配体3A范围的氨基酸残基
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504（http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html）

qwer1234 · 发表于 Post on 2021-1-17 11:00:42

sobereva 发表于 2021-1-17 04:15
如置顶的新社员必读贴和论坛首页的公告栏所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，避免 ...

好的，谢谢

chenbq18 · 发表于 Post on 2021-10-24 09:36:00

老哥这图真漂亮。不是一般菜鸟能做出来的哈

可以分享一下绘图参数吗，我总是搭配不好

DZW · 发表于 Post on 2021-12-17 20:23:15

chenbq18 发表于 2021-10-24 09:36
老哥这图真漂亮。不是一般菜鸟能做出来的哈可以分享一下绘图参数吗，我总是搭配不好

这应该是pdb数据库里面网页版的可视化程序，搜索蛋白后直接在“3D-view”里面就是这个样子的

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