求助：gmx_MMPBSA进行丙氨酸扫描CAS时候氨基酸号数不对应

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2021-6-5 15:33:05

求助：我使用的是gmx_MMPBSA，在进行丙氨酸扫描时候，参照top文件里的氨基酸号数，PHE应该是12号，在namelist.in中写入突变A链12号，但是程序表面上显示是去算13号了，然后就报错说GLY不能突变为ALA。

经本人试验，发现其实程序显示的总是我输入的氨基酸号数+1，但是实际算的还是我输入的号数。比如我输入16（LEU），程序显示在算17（GLU），最后结果其实是（LEU[A:16]ALA）。

但是现在的问题就是，我想算PHE12，但是我的13号是GLY，我程序总是显示GLY无法突变ALA，导致我无法算PHE12

请问这是什么原因，是我的哪个文件没有对应上吗？

（topol.top是跑完MD的）

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-6-6 11:35:00

这个点用pymol手动突变成ala，这么做可以嘛

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2021-6-7 14:13:45

5撇到3撇发表于 2021-6-6 11:35
这个点用pymol手动突变成ala，这么做可以嘛

你好，请问你的意思是说手动突变这个位点后，做能量分解，然后看这个位点的能量变化是吗？
那么请问是从哪一步突变呢，是从一开始的受体就是突变体，还是对接后突变，还是MD后突变？这个位点突变后电荷会改变吧，我感觉是不是应该对接后确定小分子坐标后再突变受体，然后MD，MMPBSA？

5撇到3撇 · 发表于 Post on 2021-6-24 22:06:19

lyjc19961209 发表于 2021-6-7 14:13
你好，请问你的意思是说手动突变这个位点后，做能量分解，然后看这个位点的能量变化是吗？
那么请问是从 ...

嗯嗯应该是在对接后MD完做丙氨酸突变吧，ala好像对结构的影响不大

lyjc19961209 · 发表于 Post on 2021-12-30 12:02:48

请问大家有知道这个是什么问题吗，帮帮我，谢谢

Kamala · 发表于 Post on 2021-12-30 15:19:05

有点好奇这个问题啊
蹲一个回复

benwei12138 · 发表于 Post on 2022-4-17 20:31:49

序号是基于.tpr的，跟top无关

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