gromos写聚合物rtp文件出错

刘铮12 · 发表于 Post on 2021-12-22 22:22:03

老师，我用gaussview画了3个PLGA单体分子的pdb文件,使其残基名为BEG，MID，END。手写rtp文件，传入share/gromacs/top/gromacs54a7.ff/aminocids.rtp，运行gmx pdb2gmx命令时提示：“Atom C9 in residue MID 0 was not found in rtp entry BEG with 12 atoms while sorting atoms".其中C9在MID片段中，应该就是图片显示的这样吧。

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-23 14:16:02

把pdb里三个残基设不同残基号再试

刘铮12 · 发表于 Post on 2021-12-23 18:01:38

修改完，还是一样的问题

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-24 01:40:39

刘铮12 发表于 2021-12-23 18:01
修改完，还是一样的问题

我这里用gmx 2018.8没任何问题。确认你是否把你的rtp命名为aminoacids.rtp放到了你选的力场的目录下

刘铮12 · 发表于 Post on 2021-12-24 12:53:05

本帖最后由刘铮12 于 2021-12-24 15:41 编辑

嗯嗯，谢谢老师，是我自己看错了，我也试成功了。

刘铮12 · 发表于 Post on 2021-12-25 23:21:02

老师，我用pdb2gmx生成聚合物的top文件。我按照您之前说的自己定义残基名来写rtp的时候只要写原子和键长项，不用写键角和二面角项。我照做了，发现gmx pdb2gmx命令生成top没有问题，但是下一步能量最小化的时候会显示no default G96Angle types 没有键角类型，还有没有二面角类型的报错，然后我就自己在定义的rtp文件中加上了键角和二面角，pdb2gmx一步出现了好多类似于residue 2 named MID of a molecule in the input file was mapped to entry in the topology database, but the atom C11 used in an interaction of type dihedral in that entry is not found in the input files的警告。由于我的残基2中没有C11就没有管，能量最小化后发现聚合物又变成了多个单体结构，势能为正值。

刘铮12 · 发表于 Post on 2021-12-27 22:53:59

老师，我定义完rtp文件，用pdb2gmx 生成top文件的时候，警告为：no residue in chain starting at BEG1 identified as protein/RNA/DNA. This makes it impossible to link them into a molecule,which could either be correct or a catastrophic error.Please check your structure.我检查了发现结构还可以。但是下一步能量最小化的时候就变成了多个单体。我看这个警告是识别不了聚合物的BEG MID END残基。不能连成长链。我应该修改那个文件。

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[GROMACS] gromos写聚合物rtp文件出错

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