求助如何使用Molden软件观看cp2k的振动模式

beaveror · 发表于 Post on 2021-12-24 10:06:54

如题所示，我根据官网例子可以观看高斯产生的.log文件的振动模式，我想对cp2k做的周期性分子观看振动模式，但它不能够识别我的文件（.out)，也没有给出提示，请问大家我是要对这个文件先进行什么操作吗，望指教

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-24 12:49:29

&VIBRATIONAL_ANALYSIS里加上以下内容（《使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件》http://sobereva.com/587 里的做法产生的振动分析的输入文件里默认就带着这些）
&PRINT
&MOLDEN_VIB
&END MOLDEN_VIB
&END PRINT
算完后当前目录下出现.mol文件，记录了各个频率值，以及各个频率的各个原子的正则坐标（无波函数信息）

之后启动molden，点read载入.mol，然后

beaveror · 发表于 Post on 2021-12-25 20:25:16

sobereva 发表于 2021-12-24 12:49
&VIBRATIONAL_ANALYSIS里加上以下内容（《使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件》http://sobereva ...

老师好，我在生成文件时加入了-2 （Toggle exporting .molden file for Multiwfn）成功产生了mol文件，且能观看振动模式，但是我的分子是断掉的而且没有晶胞边界，并不能准确判断振动。我是将cif文件先经过优化（未优化晶胞）产生restart文件，然后做的振动，请问老师我哪里出现了错误以及分子断掉的情况如何解决

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-25 21:18:12

beaveror 发表于 2021-12-25 20:25
老师好，我在生成文件时加入了-2 （Toggle exporting .molden file for Multiwfn）成功产生了mol文件，且 ...

Toggle exporting .molden file for Multiwfn设的是记录波函数信息的molden文件，跟显示振动用的molden文件完全是两码事

本身molden文件里不包含晶胞信息，原理上就不可能显示边界

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