使用mktop生成拓扑时计算卡住，计算一直不能完成

a9471163 · 发表于 Post on 2021-12-25 16:18:45

本帖最后由 a9471163 于 2021-12-25 20:40 编辑

各位老师，我上传了两个氮、氧掺杂石墨烯分子，其中第一个分子略大，但使用mktop生成拓扑时，1分钟就能计算完毕，但第二个分子（文件名abnormal）略小，计算会卡住，经测试卡在图中这一步1天也没有算完，这可能是为什么呢？大、小分子模型如图。大分子中间带孔，边缘设计的不太合理因为有的C上没有加H，但反而是用mktop能很快生成拓扑，所用的命令是perl mktop.pl -i noage-water.pdb -o noage.top -ff opls -conect yes；以及 perl mktop.pl -i noage-water.pdb -o noage.top -ff opls -conect no，这两个命令都试了。补充说明：在租的超算上也试了，也是计算卡住，64核心256G内存配置没问题

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[GROMACS] 使用mktop生成拓扑时计算卡住，计算一直不能完成