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[GROMACS] 求助:创建索引文件选择语句的书写问题

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楼主
我用cp2k跑了含有水,NO3-和NH4+的AIMD轨迹,然后转成gro格式的轨迹。想用gromacs来创建索引文件然后进行分析。可是体系所有分子的残基名都是MOL,并且只能识别出H,O,N这三种元素,无法区分是这些元素属于哪个分子的。我想单独给水分子,NO3-和NH4+创建索引文件,请问选择语句应该怎么写呢?谢谢各位老师了!

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发表于 Post on 2021-12-26 14:47:11 | 只看该作者 Only view this author
取决于当前gro文件里的内容
如果残基号不同,可以加上残基号来区分
如果残基名不同,可以加上残基名来区分
没有以上信息也可以自己加上
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