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[GROMACS] 24条多肽链的分子动力学模拟,在运行NPT步骤时,出现以下报错,麻烦老师们看看,非...

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是什么原因会出现这种报错呢?还望老师们解答一下

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发表于 Post on 2021-12-27 15:56:48 | 只看该作者 Only view this author
初始结构不合理 或者可以看看mdp参数设置

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喵星人

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发表于 Post on 2021-12-27 16:10:06 | 只看该作者 Only view this author
先用-ntmpi 1跑,体系太不均匀不好做域分解

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发表于 Post on 2021-12-27 16:32:35 | 只看该作者 Only view this author
-ntmpi 1跑一阵,等体系大致平衡了,再切换回默认的或者效率最佳的并行方式继续跑
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
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ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-28 14:47:39 | 只看该作者 Only view this author
chenbq18 发表于 2021-12-27 15:56
初始结构不合理 或者可以看看mdp参数设置

好的,已经解决啦,非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-28 14:48:06 | 只看该作者 Only view this author
喵星大佬 发表于 2021-12-27 16:10
先用-ntmpi 1跑,体系太不均匀不好做域分解

好的,已经解决啦,非常感谢

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2021-12-28 14:48:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2021-12-27 16:32
-ntmpi 1跑一阵,等体系大致平衡了,再切换回默认的或者效率最佳的并行方式继续跑

好的,已经解决啦,非常感谢

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