求助，关于Gromacs 径向分布函数的提问

thetn · 发表于 Post on 2021-12-29 10:36:23

大家好，下图是我用gromacs模拟抽取的一个径向分布函数图，从图中可以看出在阴离子-阴离子，阳离子-阳离子在间距较短的时候各有较大的峰值，但是我在观看文献的时候大家抽取出来的径向分布函数都常是阴-阳离子先出现一个较大的峰值，而阴离子-阴离子、阳离子-阳离子之间的峰值出现在间距较长的地方且一般峰值相对较小。请问一下是我的计算或者抽取数据的时候还需要设置什么吗？（rdf抽取我直接用的: gmx rdf -f npt2.xtc -s npt2.tpr -n index.ndx -o ceccrdf.xvg -cn rdf_cn.xvg -bin 0.01 -b 18000 -e 19000）另外有没有径向分布函数分析的相关资料可以推荐一下，谢谢各位~

sobereva · 发表于 Post on 2021-12-29 20:26:05

搞懂rdf的定义，结合当前体系结构，自然就能弄清楚怎么回事
连个体系截图都没有谁也不知道你这是什么情况
rdf的东西google一搜多得是

thetn · 发表于 Post on 2021-12-30 14:16:33

谢谢回答，抱歉，整个模型包含阴阳离子两种粒子，我用的packmol,将两种粒子随机投放到盒子中，阴阳离子各100个，我用VMD截了两张图，麻烦看一下，谢谢~

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