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[综合交流] 配体分子由pdb格式转化成mol2的通用工具有哪些?

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楼主
配体分子总是需要将pdb转化成mol2,有各种工具Avogadro,gaussview等。有两个问题:1.不同的力场对转化后的mol2文件是不是还有自己的个性化要求?2.有没有针对不同力场的通用转化工具或软件(pdb到mol2)?还是都可以转化,只是需要手动修改。

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发表于 Post on 2022-4-15 19:00:02 | 只看该作者 Only view this author
用openbabel
pdb跟力场没直接关系
mol2文件里可以记录原子类型,仅在这个层面上才和力场有关。显然具体怎么转化看你实际目的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-4-18 10:22:07 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-4-15 19:00
用openbabel
pdb跟力场没直接关系
mol2文件里可以记录原子类型,仅在这个层面上才和力场有关。显然具体怎 ...

老师,生成的是标准的mol2文件,任何力场都可以直接用不需要要修改里面的细枝末节?还是也需要稍微改动一下,例如分子名称等。

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发表于 Post on 2022-4-19 00:52:08 | 只看该作者 Only view this author
xiayu1985 发表于 2022-4-18 10:22
老师,生成的是标准的mol2文件,任何力场都可以直接用不需要要修改里面的细枝末节?还是也需要稍微改动一 ...

mol2格式是固定的,是否标准只能说文件格式是否标准,而里面的内容,如原子名、原子类型、原子电荷等信息,没有标准不标准一说。“力场都可以直接用”这种说法没意义。完全看你用什么程序具体怎么用
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