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[Amber] Amber轨迹转为gromacs轨迹

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楼主
各位大神:
     得益于amber在轨迹分析方面强大,我想把amber轨迹转化为gromacs的轨迹,ambertools的cpptraj trajout可以把amber的轨迹转化为gromacs的轨迹,我test了一下,好像是没有问题的。可以正常的结束。大家有没有人试过,最终分析的结果合理么?
     谢谢大家!

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发表于 Post on 2017-10-18 16:46:07 | 只看该作者 Only view this author
作为gmx轨迹读入VMD,如果看到轨迹一切正常就没问题
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2017-10-19 14:54:58 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2017-10-18 16:46
作为gmx轨迹读入VMD,如果看到轨迹一切正常就没问题

我用VMD可以读入,但是用gromacs处理的时候就报错:Float size 1024. Maybe different CPU?

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发表于 Post on 2017-10-19 16:55:14 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-10-19 14:54
我用VMD可以读入,但是用gromacs处理的时候就报错:Float size 1024. Maybe different CPU?

在VMD里也可以转换成trr轨迹,转一下再用gmx处理下试试
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发表于 Post on 2019-9-21 18:46:53 | 只看该作者 Only view this author
请问使用cpptraj trajout可以将gromacs的xtc轨迹文件直接转化为amber的轨迹文件吗?谢谢

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发表于 Post on 2019-9-21 19:01:22 | 只看该作者 Only view this author
kaiwanxiao 发表于 2019-9-21 18:46
请问使用cpptraj trajout可以将gromacs的xtc轨迹文件直接转化为amber的轨迹文件吗?谢谢

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发表于 Post on 2019-9-21 20:12:45 | 只看该作者 Only view this author
我查阅了一下手册,没找到,sob老师可以指点一下吗?谢谢

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发表于 Post on 2019-9-21 21:07:09 | 只看该作者 Only view this author
可以,使用cpptraj转换轨迹没有问题,如果不嫌占用硬盘,可以输出pdb格式,pdb格式比较通用。使用gmx和amber的分析工具都可以。

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发表于 Post on 2019-9-23 08:15:07 | 只看该作者 Only view this author
kaiwanxiao 发表于 2019-9-21 20:12
我查阅了一下手册,没找到,sob老师可以指点一下吗?谢谢

amber手册里搜xtc
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发表于 Post on 2020-7-23 08:49:19 | 只看该作者 Only view this author
kjxwl3 发表于 2017-10-19 14:54
我用VMD可以读入,但是用gromacs处理的时候就报错:Float size 1024. Maybe different CPU?

请问这个问题解决了吗?我也遇到了同样的问题,求指教。

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发表于 Post on 2023-3-31 16:14:30 | 只看该作者 Only view this author
你好!请问amber的.nc轨迹文件可以转化为gromacs的xtc文件吗?应该用什么指令?感谢!

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