gmx mmpbsa使用前，是否需要手动预处理模拟轨迹

a9471163 · 发表于 Post on 2022-1-7 12:49:00

本帖最后由 a9471163 于 2022-1-7 13:05 编辑

各位老师，我想使用已发表的gmx mmpbsa工具（https://doi.org/10.1021/acs.jctc.1c00645）进行计算，我的体系是周期性二维COF和其他有机小分子，但我的COF在模拟过程中相对于盒子底部发生了平动，有一部分跑出了盒子，如图，想请教一下：
1、如果此时不对轨迹进行任何处理，直接用gmx mmpbsa计算COF与分子B（假设分子B在盒子左上角，如果mmpbsa能考虑COF的周期性，则可以计算，如不能考虑周期性，则结合能就是0，会出现偏差）的结合自由能，可以算准吗？（我觉得如果gmx mmpbsa能在计算时考虑周期性镜像，是可以计算准确的，但没有查到这个工具是否能处理周期性镜像）
2、有没有办法处理一下轨迹，让COF重新铺满盒子底部？

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-8 06:01:30

你这种体系完全不需要MM/PBSA，因为根本没有溶剂
GROMACS里设置能量组，直接提取COF和小分子之间的作用能就完了

a9471163 · 发表于 Post on 2022-1-8 10:04:11

sobereva 发表于 2022-1-8 06:01
你这种体系完全不需要MM/PBSA，因为根本没有溶剂
GROMACS里设置能量组，直接提取COF和小分子之间的作用能 ...

谢谢老师，我这个体系有水，这里没有显示，我查到gmx_mmpbsa官方说计算所需的轨迹需要预处理，没有pbc,所以mmpbsa应该是不支持识别周期性镜像的

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