大家好，乙酸乙酯在VMD中双键氧原子是单键，应该怎么更改？

fzmn · 发表于 Post on 2015-9-29 15:56:24

sobereva · 发表于 Post on 2015-9-29 23:50:44

绝大多数格式都不含键级信息（如pdb），VMD也不会自动判断，键级都当成1.0。如果有键级信息（比如.mol2格式），representations-drawing method用bonds可以显示不同键级键的区别，但是不是几道杠，而是以几个套筒来表示，并不好看。
所以用VMD显示多重键效果不好。

fzmn · 发表于 Post on 2015-9-30 08:46:28

sobereva 发表于 2015-9-29 23:50
绝大多数格式都不含键级信息（如pdb），VMD也不会自动判断，键级都当成1.0。如果有键级信息（比如.mol2格式 ...

谢谢老师耐心解答！

didi_dudu · 发表于 Post on 2018-9-7 16:08:42

sobereva 发表于 2015-9-29 23:50
绝大多数格式都不含键级信息（如pdb），VMD也不会自动判断，键级都当成1.0。如果有键级信息（比如.mol2格式 ...

所以社长有神马免费软件能自动判断键级么？

sobereva · 发表于 Post on 2018-9-8 03:26:59

didi_dudu 发表于 2018-9-7 16:08
所以社长有神马免费软件能自动判断键级么？

用Multiwfn计算Mayer键级，然后取最接近的整数（但如果涉及多中心离域则不适合，此时需要通过单双键交替描述，可以考虑用multiwfn做轨道定域化，数原子间的成键LMO数目。或者做NRT分析，取权重最大的Lewis结构，不过能做NRT分析的NBO版本都是收费的）

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[建模与可视化] 大家好，乙酸乙酯在VMD中双键氧原子是单键，应该怎么更改？