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[VMD] VMD如何把氢原子隐去

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在VMD中如和让氢原子不显示??
vmd中如何更改键的颜色??

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发表于 Post on 2018-3-12 20:14:08 | 只看该作者 Only view this author
1.载入分子后,在graphics->representation中,selected atom中输入not hydrogen,如此不显示H原子,如图1所示;

2.我一般的做法是这样的,仅供参考:
建立两层,一层用某个风格显示,如本图中的CPK风格;另一层是Bonds风格,在coloring method中,选择一个颜色,比如白色。如图2所示。

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发表于 Post on 2018-3-12 21:16:42 | 只看该作者 Only view this author
PS:not hydrogen更简单写法是noh
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发表于 Post on 2018-3-12 21:21:41 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-12 21:16
PS:not hydrogen更简单写法是noh

谢谢sob老师指出更简单方法,学习了~
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-13 19:16:48 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2018-3-12 20:14
1.载入分子后,在graphics->representation中,selected atom中输入not hydrogen,如此不显示H原子,如图1 ...

感谢回复 很有帮助
我用noh把氢原子隐去了
但是该键的颜色没有成功 我也是照你说的在“drawing method”中选择“bonds” 进而在“coloring method”中该颜色 但是没有任何变化 但当我在“drawing method”中选择“CPK”是 颜色是改成功了 但是是全部 而不是只有键
如图

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发表于 Post on 2018-3-13 21:30:42 | 只看该作者 Only view this author
涅涅尘 发表于 2018-3-13 19:16
感谢回复 很有帮助
我用noh把氢原子隐去了
但是该键的颜色没有成功 我也是照你说的在“drawing metho ...

Bonds的style中,Bond Radius你设置为0了,所以没显示出来。
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2018-3-14 09:31:52 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2018-3-13 21:30
Bonds的style中,Bond Radius你设置为0了,所以没显示出来。

非常感谢 收获良多

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发表于 Post on 2018-5-31 09:43:08 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
哇,sob老师的命令好简洁!

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发表于 Post on 2018-8-10 10:36:01 | 只看该作者 Only view this author
978142355 发表于 2018-3-12 20:14
1.载入分子后,在graphics->representation中,selected atom中输入not hydrogen,如此不显示H原子,如图1 ...

感谢您的帮助,学到了!

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发表于 Post on 2020-10-4 14:22:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2018-3-12 21:16
PS:not hydrogen更简单写法是noh

那如果要隐藏其它元素,是否也有相应指令?

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发表于 Post on 2020-10-4 15:01:53 | 只看该作者 Only view this author
虎王 发表于 2020-10-4 14:22
那如果要隐藏其它元素,是否也有相应指令?

没有。只能在选择语句里用not ...取消选中
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sobereva 发表于 2020-10-4 15:01
没有。只能在选择语句里用not ...取消选中

请问如何隐去部分氢原子,只保留与过渡金属相连的氢原子

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发表于 Post on 2022-1-6 21:51:36 | 只看该作者 Only view this author
mzb1987 发表于 2022-1-6 15:55
请问如何隐去部分氢原子,只保留与过渡金属相连的氢原子

恰当用选择语句
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504http://bbs.keinsci.com/thread-14267-1-1.html
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发表于 Post on 2022-1-7 19:17:40 | 只看该作者 Only view this author
representation 里面,selected atom 中输入:not element H

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发表于 Post on 2022-1-10 11:12:19 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-6 21:51
恰当用选择语句
VMD里原子选择语句的语法和例子
http://sobereva.com/504(http://bbs.keinsci.com/thr ...

谢谢社长

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