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[GROMACS] 求助关于不同组分的itp文件整合

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之前使用charmm-gui生成了多糖的gro文件跟itp文件,然后请教了关于itp文件跟charmm力场中相应的itp文件的整合方式。但是charmm-gui网站生成的itp文件的atomtype中与charmm力场中有相同的部分,并且charge的值不一样,这个时候要怎么处理比较好呢?这种文件中其他部分出现相同的定义也都是要去重的吗?

202201102357013476..png (82.62 KB, 下载次数 Times of downloads: 19)

202201102357013476..png

202201102356002409..png (59.07 KB, 下载次数 Times of downloads: 27)

202201102356002409..png

charmm-gui生成的力场文件.rar

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charmm36-mar2019.ff.tgz

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发表于 Post on 2022-1-11 03:04:56 | 只看该作者 Only view this author
有相同的没关系,会用最后一次定义的

[atomtypes]里的charge没实际用处,原子电荷几乎总是用[atoms]里的

发帖时不要自己在标题里写[求助]这种标签,这里明确说了:http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。给你改了,以后注意
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-11 14:33:36 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-11 03:04
有相同的没关系,会用最后一次定义的

[atomtypes]里的charge没实际用处,原子电荷几乎总是用[atoms]里的 ...

抱歉老师,我记住了,谢谢您的解答,然后我还有个问题,charmm-gui生成的CARB.itp文件里面包含了[atom], [dihedrals]这些部分之外还有[ position_restraints ]有关位置限制的部分,这些我需要分出来重新建一个文件然后再拓扑文件里面include吗,还是可以直接在拓扑文件的位置限制部分直接include CARB.itp?

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发表于 Post on 2022-1-12 02:54:56 | 只看该作者 Only view this author
yingbin 发表于 2022-1-11 14:33
抱歉老师,我记住了,谢谢您的解答,然后我还有个问题,charmm-gui生成的CARB.itp文件里面包含了[atom],  ...

怎么include完全随你,始终记住grompp看到的是所有include都展开之后的文件
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-12 09:55:10 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-12 02:54
怎么include完全随你,始终记住grompp看到的是所有include都展开之后的文件

好的,谢谢老师

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