高斯优化得到的蛋白构型如何转化成Gromacs识别的PDB文件

Yoghurt · 发表于 Post on 2022-1-21 11:01:18

请教一个操作的问题，本人用对接一个蛋白-配体构型，直接进行GMX模拟时总是出现错误。推测是构型问题，于是进行了高斯ONIOM优化，希望基于优化后的构型进行动力学模拟。按照GROMACS培训班的蛋白-配体复合物模拟教程，用gaussview转化的蛋白.PDB不含有残基信息，导致pdb2gmx时报错，请问如何用高斯优化得到的蛋白构型转化成Gromacs识别的PDB文件，谢谢！

（附件中5.gjf为高斯转化出来的优化后的构型，截图为Gview转化出来的PDB文件和pdb2gmx报错信息）

panernie · 发表于 Post on 2022-1-21 13:51:51

令人费解的是，为何要用高斯ONIOM来优化蛋白质结构，ONIOM不是用来在QM/MM的吗？如果想做动力学，直接用对接的结构即可，为什么要用gaussview来保存结构。

sobereva · 发表于 Post on 2022-1-21 14:45:23

这根本就不是该Gaussian干的事
直接让GROMACS在恰当的力场下做能量极小化就完了

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