走完IRC之后进行产物端优化，关于如何判断产物是离子态还是自由基态的问题

LSYLUCY · 发表于 Post on 2021-11-23 17:28:47

本帖最后由 LSYLUCY 于 2021-11-23 17:27 编辑

HSO5-和H2PO4-的反应，主要纠结产物到底是硫酸根自由基/硫酸根离子、羟基自由基/氢氧根离子、磷酸根自由基/磷酸根离子。1.根据sob老师在其他帖子的回答，用Multiwfn算了原子电荷和自旋布居（如下图），但是不知道为什么没有输出spin populaton。如果看原子电荷的话，硫酸根部分算出来片段电荷是-1.6，不知道该判断是自由基还是离子。

2.还用LOBA方法计算了氧化态，氧化态总和不等于净电荷，继续定义了片段算氧化态，羟基自由基/氢氧根离子这个部分的氧化态变成了1，感觉不太合理。

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-24 08:15:59

1 要么当前波函数本身是闭壳层的，因此根本没法算自旋布居；要么操作不对（说清楚操作步骤）

2 这种方式算的氧化态的总和本来就不必然等于净电荷，你只需要关心你感兴趣的片段

贴出来Gaussian输入文件、波函数文件文件、完整操作步骤，并且把反应式画出来，否则没法comment

LSYLUCY · 发表于 Post on 2021-11-24 15:39:10

sobereva 发表于 2021-11-24 08:15
1 要么当前波函数本身是闭壳层的，因此根本没法算自旋布居；要么操作不对（说清楚操作步骤）

2 这种方式 ...

老师，我用的是bl3yp/6-31g(d)计算IRC产物端几何和频率优化（为了算mulliken charge未加弥散函数，对应附件IRC004.gjf），然后在IRC004.out基础上算了stable=opt，输出文件为2.out。我猜测反应式有以下三种可能，我现在主要是想判断各基团是离子态还是自由基态。

1.rar (587.66 KB, 下载次数 Times of downloads: 10)

1.对2.chk转成2.fchk,用multiwfn算自旋布居（7、5、1），得到的就对应上面发的这个结果

2.由于我需要判断每个结构是离子态还是自由基态，所以好像每个片段都是我感兴趣的片段

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-25 10:52:44

LSYLUCY 发表于 2021-11-24 15:39
老师，我用的是bl3yp/6-31g(d)计算IRC产物端几何和频率优化（为了算mulliken charge未加弥散函数，对应附 ...

你当前体系是闭壳层的，所以不可能计算自旋布居。
本身2.gjf首先就是当闭壳层算的，而且之后stable=opt时一开始就提示波函数是稳定的，所以当前结构波函数就是闭壳层的。

你当前的体系不像是你画的三个反应的任何一个，从当前结构看产物是[SO4]2-和H3PO5（过一磷酸）

LSYLUCY · 发表于 Post on 2022-1-19 15:07:48

sobereva 发表于 2021-11-25 10:52
你当前体系是闭壳层的，所以不可能计算自旋布居。
本身2.gjf首先就是当闭壳层算的，而且之后stable=opt ...

好的，谢谢sob老师

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