动力学模拟的时间怎么确定？

浅原问问 · 发表于 Post on 2016-3-29 11:00:05

请问各位老师，为了比较一系列不同离子液体的同一种性质，对他们进行动力学模拟的时候，模拟的时间应该怎么确定呢？例如是所有物质都模拟10ns，还是根据各自的情况，模拟时间以自身达到平衡为准？谢谢老师

greatzdk · 发表于 Post on 2016-3-29 12:19:27

既然比较，这个量还是应该固定的吧！

kunkun · 发表于 Post on 2016-3-29 22:47:12

本帖最后由 kunkun 于 2016-3-29 22:48 编辑

我觉得你说的体系应该都平衡了，才会有比较和讨论的价值。
至于跑多久我觉得要看预实验的结果，所有的物质跑到一个时间水平
....最起码作图比较好看。

sobereva · 发表于 Post on 2016-4-3 14:08:17

建议先把所有体系都先跑到平衡，然后统一再跑同样的时间来进行统计，这样统计误差才是相同的、结果有可比性的。

astrozheng · 发表于 Post on 2016-4-4 22:38:36

同意kunkun的看法。
很多时候分子动力学的模拟都需要有convergence，就是能够收敛。这样的情况下才能算这个模拟达到了一定的平衡，算的上遍历了基本上能够找到状态。只有两个单独的模拟都分别达到convergence，才能算得上有可比性。
convergence的判定方法向来比较麻烦，如果是一般的MD，可以看看一些理化性质，甚至有人直接用RMSD，或者entropy，或者某个量在模拟的后半程每十个纳秒的平均值不再变化，等等，这个得根据不同的系统有不同的方法。

greatzdk · 发表于 Post on 2016-4-25 09:21:40

sobereva 发表于 2016-4-3 14:08
建议先把所有体系都先跑到平衡，然后统一再跑同样的时间来进行统计，这样统计误差才是相同的、结果有可比性 ...

对于某些体系，会有较大构象变化，可控时间尺度内跑不平衡该如何考虑？

sobereva · 发表于 Post on 2016-4-25 09:48:52

greatzdk 发表于 2016-4-25 09:21
对于某些体系，会有较大构象变化，可控时间尺度内跑不平衡该如何考虑？

只能看具体研究目的看有无办法权衡。非要跑到平衡要么愣算要么就靠粗粒化之类吧

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[综合交流] 动力学模拟的时间怎么确定？

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