求助，DNA 碱基堆积相互作用的分析

Cathylin

有一个特殊碱基，想用量化方法分析两层DNA的相互作用，与常见碱基AGCT对比，看看特殊碱基对stacking的影响。已有1. 一段含特殊碱基的DNA晶体结构，分辨率2.6埃；2. 实验得到的stacking能量数据。目前计划用量化结果解释实验的结果，但量化算的结果与实验吻合不好，相互作用能的大小排序不一致。以下是计算过程的描述，请老师们帮忙看看有没有问题：
1. 液相做结构优化，用冻结重原子的晶体结构做起始，并计算单点能E(AB)。
方法、基组等：M062X/def2SVP em=GD3 opt=readopt freq SCRF notatoms=C,O,N
2. 在气相中计算优化结构的BSSE。
M062X/def2TZVP em=GD3 counterpoise=2 @./ma-TZVP.gbs/N
3. 两层碱基对分别在液相中优化，计算单点能EA,EB。
M062X/def2TZVP em=GD3 scrf=SMD @./ma-TZVP.gbs/N
4. 计算相互作用能 E=E（AB）-EA-EB-BSSE.
如果这个计算过程可以的话，目前打算做IGMH分析，计算等值面面积来反映相互作用的不同（等值面的面积大小关系比能量大小合理）。不知道这么解释是否可行。或者在不增加实验数据的前提下有没有好的分析特殊碱基相互作用的方法。拿到结构以后关于如何分析头疼了很久，前后边学边算做了一年多。有任何看法和建议都欢迎交流，谢谢！

sobereva

第1步莫名其妙，如果实验测的是液相的结合能，优化时没理由把重原子冻在晶体坐标上。更何况第3步都是放开了优化的

2 既然用ma-def2-TZVP，关键词里再写def2TZVP毫无意义，显然应该写gen

也没说清楚E(AB)怎么来的。而且相互作用能应当加上而非减去BSSE校正能

Cathylin

sobereva 发表于 2024-6-14 01:26
第1步莫名其妙，如果实验测的是液相的结合能，优化时没理由把重原子冻在晶体坐标上。更何况第3步都是放开了 ...

谢谢老师解答。
第1步冻结是因为特殊碱基会导致DNA构型变化，不冻结重原子做优化结构会变化比较大，构型会变。而且尝试过不冻结，和实验结果仍然不吻合。第3步开放是想着实验测的是完整的DNA结构和两层DNA分开以后的能量差异，应该有变形能的存在，所以放开优化。不过尝试把这一步换成冻结状态的能量后结果确实更合理了。
E(AB)是M062X/def2TZVP em=GD3  scrf=SMD，和第三步算能量的算法一样。
BSSE实际算的时候是加上的，我没注意打错了:(