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[GROMACS] 求助cof建模问题

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各位大佬,我想使用gromacs建立一个周期性的cof体系,为此我单独建立了一个菱形的单晶胞,然后通过gromacs本身周期性的展示,最终形成一种周期性cof体系。如下图所示:

但是由于我将单晶胞当做是单独的分子建立的,因此它不可避免的会和旁边的单晶胞非常紧密的接触,也就是相当于这种分子会和自己的虚影有着很近的接触,这样好像又不合理了。
各位大佬帮忙看看,我目前建立的模型是不是不合理的,要是不合理的话,又有什么办法达成我的建模目标呢?多谢各位大佬了!

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发表于 Post on 2022-3-2 20:31:03 | 只看该作者 Only view this author
这种体系建模根本就不是GROMACS的事
恰当设置盒子,使得按照周期性平移复制之后盒子边界处的成键情况是合理的。在VMD里可以直接根据盒子信息显示出相邻镜像
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-3-3 16:19:51 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-3-2 20:31
这种体系建模根本就不是GROMACS的事
恰当设置盒子,使得按照周期性平移复制之后盒子边界处的成键情况是合 ...

嗯嗯,多谢sob老师

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