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[GROMACS] gromacs如何构建含有噻二唑环的小分子

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求助者想跑含有噻二唑基团小分子与蛋白复合物的MD,目前水平有限所以一直在用charmmgui来生成gromacs文件。之前还算正常,但是使用含有噻二唑基团的分子时,网站经常报错,提示噻二唑处N原子有问题。请问各位大佬如何解决?是不是得用其他手段?

图片5.jpg (25.47 KB, 下载次数 Times of downloads: 22)

就是这样一个结构

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发表于 Post on 2022-1-29 21:08:10 | 只看该作者 Only view this author
用acpype
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266http://bbs.keinsci.com/thread-428-1-1.html

最近我会发布sobtop拓扑文件产生工具,用于这个很合适。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-29 21:25:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-29 21:08
用acpype
几种生成有机分子GROMACS拓扑文件的工具
http://sobereva.com/266(http://bbs.keinsci.com/thr ...

好的好的,谢谢sobereva老师。另外还想问一下,我的结构画得是不是有问题?

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发表于 Post on 2022-1-29 22:32:45 | 只看该作者 Only view this author
tienan0412 发表于 2022-1-29 21:25
好的好的,谢谢sobereva老师。另外还想问一下,我的结构画得是不是有问题?

我不知道你指的什么结构
如果是三维结构,必须上传文件
如果是1L的Lewis式,从理论化学的角度来看是无法接受的
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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