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[分子对接] 有没有办法可以快速预测一个peptide和一个protein-RNA complex的结合能

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请问大家,有没有办法可以快速地计算一个peptide(10个氨基酸左右)和一个protein-RNA complex(有PDB结构)的结合能?不需要很准确,只要大概能给一系列peptide排序就行,是为了初步筛选出几个有希望的sequence然后实验测试。MM-PBSA这样的工具上手复杂,而且我们的超算也没装Amber之类的软件。我搜到了几个web server可以做protein-protein binding的计算,但我把PDB放进去就报错,估计是因为我的结构含有RNA。

同事问我的,我没做过这方面计算(我是做材料和催化计算的...),请指教!

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发表于 Post on 2022-2-8 23:10:32 | 只看该作者 Only view this author
用HADDOCK可以试试
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-2-9 03:11:52 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-2-8 09:10
用HADDOCK可以试试

谢谢社长!这个看起来更general一些,应该不限于protein-protein,我试试

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