求教，想问一下关于Invalid order for directive atomtypes这个错误的解决办法

sungl123456 · 发表于 Post on 2019-8-29 19:50:47

本帖最后由 sungl123456 于 2019-8-29 19:51 编辑

我使用的软件是gromacs4.6.7版本，模拟甲醇分子和一个盐离子之间的相互作用，在能量最小化输入grompp -f minim.mdp -c interface.gro -p top.top -o em.tpr时，出现的这个错误。我在不同的网站查了这个问题的解决办法，但是都不奏效，想听听遇到过这个问题的同学们和各位老师有什么建议。

ggdh · 发表于 Post on 2019-8-29 19:58:34

把每个itp中的[ atomtypes ]部分提出来后合并，放到top文件中，的itp前面

让你变成回忆 · 发表于 Post on 2019-8-29 20:45:31

含有多个体系的top文件的总体顺序基本是：
[ defaults ]
xxx

[ atomtypes ] #这里需要包含所有分子的所有的原子类型
xxx

接下来依次循环每一个分子，从[ moleculetype ]开始一直到[ dihedrals ] ; impropers这里结束分子一，然后开始分子2，仍然从[ moleculetype ]开始一直到[ dihedrals ] ; impropers；一直定义完所有的分子。

最后再加上
[ system ]
xxx

以及每个分子的分子数
[ molecules ]
mole1 mole1number
mole2 mole2number
xxx

sobereva · 发表于 Post on 2019-8-29 20:52:58

sungl123456 · 发表于 Post on 2019-8-30 09:28:20

ggdh 发表于 2019-8-29 19:58
把每个itp中的[ atomtypes ]部分提出来后合并，放到top文件中，的itp前面

多谢多谢，已解决

sungl123456 · 发表于 Post on 2019-8-30 09:28:45

让你变成回忆发表于 2019-8-29 20:45
含有多个体系的top文件的总体顺序基本是：
[ defaults ]
xxx

感谢感谢，已解决

sungl123456 · 发表于 Post on 2019-8-30 09:29:15

sobereva 发表于 2019-8-29 20:52

感谢sobereva大神指导，学到了，问题已解决

sungl123456 · 发表于 Post on 2019-8-30 09:55:24

最终的解决方案是将itp文件中的atomtypes提出，放置于top文件中的#include ./methanol.itp和#include ./NCH2CH2CH2CH3.itp之前，问题解决，不过两个itp文件合并出来的原子类型中少量原子类型出现了重复定义的情况，直接运行会报warning，于是我把重复的原子类型的后一个，序数换一个数字，当然这样稍显麻烦不过能解决问题，另外我也确认过自带力场文件中的这些序数没有并定义过

furliujing · 发表于 Post on 2019-10-13 21:51:29

你用的立场是什么，我用的是gromacs场，在methanol.itp文件中只有atoms没有atomtypes ，也出现了和你相同问题。用你上述说的没办法解决

kay · 发表于 Post on 2020-1-3 16:54:07

ggdh 发表于 2019-8-29 19:58
把每个itp中的[ atomtypes ]部分提出来后合并，放到top文件中，的itp前面

咨询一下老师，[ atomtypes ]部分提出来后合并，放到top文件中，如果两分子有相同类型的原子，就不需要重复定义了是吧？还有在top中定义了[ atomtypes ]之后，itp中也是必须要定义的么？

ggdh · 发表于 Post on 2020-1-3 18:05:56

kay 发表于 2020-1-3 16:54
咨询一下老师，[ atomtypes ]部分提出来后合并，放到top文件中，如果两分子有相同类型的原子，就不需要重 ...

不需要重复定义了

sobereva · 发表于 Post on 2020-1-3 18:18:24

kay 发表于 2020-1-3 16:54
咨询一下老师，[ atomtypes ]部分提出来后合并，放到top文件中，如果两分子有相同类型的原子，就不需要重 ...

重复的只保留一个
要搞清楚itp被include入top后，相当于把itp里的内容直接复制到了top里。不要管字段在什么文件里

kay · 发表于 Post on 2020-1-3 18:27:07

ggdh 发表于 2020-1-3 18:05
不需要重复定义了

谢谢老师

kay · 发表于 Post on 2020-1-3 18:27:14

sobereva 发表于 2020-1-3 18:18
重复的只保留一个
要搞清楚itp被include入top后，相当于把itp里的内容直接复制到了top里。不要管字段在 ...

谢谢老师

王寓于 · 发表于 Post on 2020-3-24 10:03:55

我把pcc.itp和pc.itp里[ atomtypes ]部分剪切到top里，top顺序是[ atomtypes ] include [ system] [ molecules] 还是同样报错，我看了您的帖子，请问您是这样解决的吗？

		自动登录 Automatic login	找回密码 Forget password
密码 Password			注册 Register

[GROMACS] 求教，想问一下关于Invalid order for directive atomtypes这个错误的解决办法

评分 Rate