黏度模拟应该用NPT系综吗？

Lacrimosa

最近一个多月也就一直在用NVT对己醇进行模拟。模拟流程大概是先用V-rescale和Berendsen控温控压跑50ns平衡模拟，然后用Nose-Hoover和Parrinello-Rahman控温控压跑10ns，最后进行10nsNVT， cos-acceleration=0.025计算黏度，但是模拟的结果偏差极大，测试了很多参数都没有改善。今天发现NPT模拟后偏差变小了很多，但不知道这样是否合理，请各位老师指点

sobereva

如果NPT过程中盒子Z方向尺寸变化不大的话，理应不至于差异这么大

Lacrimosa

sobereva 发表于 2021-9-11 06:02
如果NPT过程中盒子Z方向尺寸变化不大的话，理应不至于差异这么大

感谢老师的回复，我从一段10ns的NPT模拟轨迹中选取了10个结构并在NVT系综下模拟了黏度(结果如下图)。 可见黏度对体积的变化似乎很敏感。于是我又从另一段NVT模拟轨迹中选取了10个结构去做NVT下的黏度模拟，结果偏差很小，这说明体积确实会对黏度有很大的影响。
目前的结果如下：
NPT下production run--->NVT下黏度模拟:  偏差大
NPT下production run--->NPT下黏度模拟:  偏差小, 平均值在70左右
NVT下production run--->NVT下黏度模拟:  偏差小, 平均值在300左右

请问老师, 目前这样的结果该相信哪个呢? 看之前论坛里的讨论帖说NPT的控压可能会对黏度计算产生影响, NVT更合理, 所以这里我应该选NVT么?

sobereva

Lacrimosa 发表于 2021-9-12 15:19
感谢老师的回复，我从一段10ns的NPT模拟轨迹中选取了10个结构并在NVT系综下模拟了黏度(结果如下图)。 可 ...

建议看看模拟纯水有没有这个问题。理应不至于相差这么夸张
用的什么gmx版本？

Lacrimosa

sobereva 发表于 2021-9-12 23:33
建议看看模拟纯水有没有这个问题。理应不至于相差这么夸张
用的什么gmx版本？

好的，我试试纯水，目前的版本是GROMACS 2021.3，这个版本之前做了测试，在使用相同输入文件的时候可以得到和5.1.4版本下相同的结果。

k64_cc

不应当用NPT，还是得用Nose-Hoover跑NVT。

考虑拿Green-Kubo formula算一遍对比一下？

Lacrimosa

k64_cc 发表于 2021-9-13 14:44
不应当用NPT，还是得用Nose-Hoover跑NVT。

考虑拿Green-Kubo formula算一遍对比一下？

谢谢老师指点，我尝试一下

MSxinshou

你好我是一个新手小白， 我想问一下你在进行完模拟之后，计算黏度时的数据是在哪里得到的？

Lacrimosa

MSxinshou 发表于 2022-2-10 12:33
你好我是一个新手小白， 我想问一下你在进行完模拟之后，计算黏度时的数据是在哪里得到的？

gmx energy提取出1/viscosity那一项去取倒数

Lacrimosa

Lacrimosa 发表于 2021-9-13 12:05
好的，我试试纯水，目前的版本是GROMACS 2021.3，这个版本之前做了测试，在使用相同输入文件的时候可以得 ...

之前水的测试结果如下：
---------------|-----------------1/viscosity----------------
GMX version------------NPT------------NVT-------------
2018.8        |  1430.80±28.71   |  1443.18±41.35
2020.6        |  1422.58±31.49   |  1442.89±39.03
2021.3        |  1428.79±41.43   |  1448.45±41.68
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spc/e水模型, 884个水分子; T=298.15 K (Nose-Hoover); P=1.01325 bar (Parrinello-Rahman); cos-acceleration=0.05; 模拟时间2ns, 取后1ns统计1/viscosity; 重复10次模拟计算均值和标准差